儿童做脑部核磁是没有什么伤害的，因为影像学检查中有辐射的是头颅ct，X线。核磁只是利用磁场来进行检查的，跟射线是没有关系的，所以没有放射性危害。噪音大，这一点来说对孩子会造成一些不适。
脑部核磁共振没有电离辐射，对人体没有放射性的损害。其中脑部核磁共振是利用人体内氢质子，在磁场中产生共振信号来获得的图像。脑部的核磁共振对颅内的检查能够更精确，同时脑部核磁检查不会出现颅骨的伪影，也不需要造影剂，就能够清楚的显示头部冠状位、矢状位等图像。
一般情况下，小孩做脑CT和核磁共振有一定伤害，但是伤害较小。
小孩做脑CT，通常有一定的辐射损小孩的全身影响是比较小的，因为一次脑CT受到的辐射量通常是有限的，只要不是多次进行，一般不会造成较大的伤害。而核磁共振对于孩子的伤害则相对更小，因为核磁共振的成像一般和射线没有较为明显的关系，因次，也不会对小孩造成较为明显的辐射性损伤。
给新生儿做核磁共振，可判断新生儿的大脑发育情况，因为核磁共振不具有辐射性，所以优点非常突出，脑部CT对新生儿的辐射比较大，而核磁共振不是辐射成像，对新生儿没有辐射，核磁共振对新生儿脑部软组织结构显影非常清晰，可清晰地观察新生儿的脑部发育情况，其次是判断新生儿有没有核黄疸，如果新生儿有病理性黄疸，会出现胆红素水平明显增高，给新生儿做核磁共振时，如果新生儿脑部没有异常，基本可排除新生儿核黄疸。
脑部核磁共振检查没有明确的副作用，因为基本原理是探测人体组织内蕴藏量最丰富的氢离子，在磁共振过程中发出电磁波信号测出氢离子浓度及其驰豫时间，作为成像的参数。
脑部核磁共振不能查脑供血不足，可以通过脑部核磁共振观察颅内血管走形及各级分支，观察血管有无畸形，有无狭窄，闭塞等。脑供血不足，需做个脑血管造影才能明确的。
