最主要的原因是缺少维生素D和钙剂。宝宝身体内的微量元素主要是宝宝在宫内时储存的，宝宝出生后生长发育迅速、需要量大，且母乳不能提供足够的维生素D和钙剂，如果没有及时补充的话，就容易引起宝宝睡觉不稳，不容易睡眠。
吃饱奶以后，能够安静的睡眠4到5个小时。如果宝宝合并有拉肚子、腹胀等症状需要高度怀疑胃肠功能紊乱，引起的肠绞痛的可能性是非常大的，胃肠功能紊乱以后可能会出现阵发性的肠蠕动增快，会出现睡眠不安稳，哼哼唧唧。
大多数宝宝睡觉哼唧都是正常的生理状态，宝宝在腹中很有安全感，但出生后会受到外界环境所带来的各种刺激。加上小宝宝脑神经系统还不够完善，所以需要有一个逐步适应的过程。
宝宝睡觉老是哼哼唧唧使劲脸红，如果还伴有胃口变大，吃奶频率变多，精神状态良好，考虑是宝宝到了猛涨期。
宝宝在出生后的第一年里身体各方面发育都比较迅速，会经历几个猛涨期。猛涨期的宝宝睡眠变得非常不好，睡觉时即使睡着了也睡不安稳，老是哼哼唧唧、身体使劲还扭来扭去，脸也通红，其实是宝宝在缓解因身体猛涨期而产生的不适症状。
如果宝宝睡觉老是哼哼唧唧使劲脸红，并摸着宝宝的肚子有些发胀、发硬，考虑是肚子胀气，家长可以用小热水热敷，能有效缓解腹胀情况，也可以顺时针方向按揉肚子，促进肠道内气体排出来，缓解宝宝腹胀症状。
40天宝宝睡觉时，容易出现哼哼唧唧使劲，要看有没有腹胀、肚子咕咕声、有无可疑的哭声等症状，看看有没有明显的变化，比如粪便很稀、粘液、脓血、泡沫等。此外，如果40天宝宝缺乏维生素D和钙的摄取也会导致这种情况，特别是孕妇在孕期有腿部痉挛、缺乏维生素D和钙的表现时，更需要关注40天宝宝维生素D补充的问题。
通常情况下，新生宝宝睡觉老是哼哼唧唧可能是正常的，也可能是肠道不舒服所导致的。具体情况分析如下：
如果宝宝的身体状况良好，吃奶质量好，体重增加的比较满意，头围也没有什么变化，那么就不要着急了。即便把钙缺乏的问题都考虑进去，给予儿童常规的维生素D补充，这个问题还是会发生。还有一些人觉得，宝宝是一种很舒服的感觉。另外有的宝宝会哼哼唧唧，伸懒腰，或者是脸色涨红，可能因为肠胃不舒服，可以用益生菌来调节肠道菌群。在宝宝的肚子上可以进行按摩，可以促进肠胃的蠕动，从而改善宝宝的哼哼声，同时也可以提高睡眠质量。