在灌肠过程中，患儿会出现面色苍白、出冷汗、剧烈的腹痛、心率加快、气急，时候应该立即停止灌肠，灌肠的时候一定要特别注意，灌入的灌肠液，不能够过快过猛，更换灌肠器械的时候，要防止空气进入，要避免直肠内的液体返流。
损坏肠道因为孩子的肠道结构还有发育完全，属于比较脆弱的，灌肠后容易出现急性肠胃炎，损坏肠胃的正常消化功能。引发肠粘膜水肿。因为灌肠的剧烈性导致孩子的肠胃内膜撕裂是经常有的事情，还会伴随腹痛不止的症状。
感冒咳嗽比较严重，可以配合着口服药物，是不建议用灌肠给孩子来进行处理的，灌肠起到不了，治疗孩子疾病的功效，反而有可能会导致病情加重的，所以是不要使用的。
少量使用灌肠退烧对身体影响不大，但长期多次使用，会影响孩子的正常发育。
退烧用药物灌肠可以使药物快速的吸收，也不会给患儿造成痛苦。但是长期或者多次用药物灌肠，会导致直肠粘膜，有些药物也会使肠道内正常的菌群受损。建议比较小的孩子不要选择灌肠。
体温不超过38.5度注意多喝水，清淡饮食。用温毛巾擦拭四肢大血管经过的地方，物理降温就行，注意勤测量体温。如果体温超过38.5度，需要及时在医生指导下药物退烧，以免体温高引起热性惊厥。
一般情况下，灌肠若按照正确的操作方法则无危害。具体分析如下：
通常来讲，灌肠是将药物灌入直肠内达到其治疗的目的，一般分为清洁灌肠和保留灌肠两种。其中，清洁灌肠适应于结直肠手术的术前准备、内镜检查前的肠道准备，还可以用于粪便嵌塞的治疗等。而保留灌肠一般对药物的量、温度有严格的要求，如温度在36度左右，药物常用量在50至100ml，此方法是治疗直肠肛门疾病和妇科炎症的常用方法。
