自费疫苗和免费疫苗的区别在于自费疫苗属于计划外疫苗，免费疫苗叫一类疫苗是监护人必须给孩子接种的。疫苗的疫苗费和接种费都需要支付。一类疫苗有些疾病没有覆盖的可以选二类疫苗如流感疫苗。
流脑疫苗有免费的，也有自费的。两者都是来预防流脑发生的。对于国家规定必须要注射的疫苗的情况下，基本都是免费的。免费的疫苗，那是由国家免费提供的，相对来讲价格便宜，效果比较理想，但是副反应可能会略大一点。自费的疫苗价格一般偏高，注射后出现副反应的可能性会小一点。
免费的属于计划免疫，是国家规定的免疫项目之一，可以无偿的免费给需要接种的小儿注射。可以优先考虑免费疫苗，对于收费疫苗，属于二类疫苗，管理一般也是比较严格的，有些属于进口疫苗，如果经济条件相对比较好，也可以考虑用进口疫苗，费用相对比较高。
百白破疫苗有免费和自费的，两者都能够起到较好的预防效果。两者区别是免费百白破疫苗，属于国家计划免疫内的是一类疫苗，一类疫苗由政府免费提供，百白破免费疫苗，通常接种4针，前3针为基础免疫。自费百白破疫苗，是自愿自费接种属于二类疫苗，自费百白破疫苗不良反应相对发生较少。
甲肝疫苗是用于预防甲型病毒性肝炎的疫苗，两种疫苗的安全性和效果都是差不多的，不管是自费还是免费的。而免费的属于计划免疫，是国家规定的免疫项目之一，可以无偿的免费给需要接种的小儿注射。可以优先考虑免费疫苗，对于收费疫苗，属于二类疫苗，管理一般也是比较严格的，有些属于进口疫苗，如果经济条件相对比较好，也可以考虑用进口疫苗，费用相对比较高。
脊灰免费疫苗是国产的，自费的疫苗进口的，这就是区别，进口疫苗和国产疫苗的效果差不多，但发生不良反应的机会小些，可以选择免费或自费的疫苗，如果为了减少出现不良反应的机会，那就选择自费的疫苗。