磁共振是利用高场强磁场进行检查的设备，没有辐射损伤，是临床应用广泛的检查手段之一。对于婴儿，磁共振检查是安全的，是儿科常用的检查方法。但是磁共振检查速度慢，时间长，噪音大，有幽闭恐惧症的患者需要做特殊准备才能检查。婴儿不能配合检查，需要镇静之后才能进行检查。
给新生儿做核磁共振，可判断新生儿的大脑发育情况，因为核磁共振不具有辐射性，所以优点非常突出，脑部CT对新生儿的辐射比较大，而核磁共振不是辐射成像，对新生儿没有辐射，核磁共振对新生儿脑部软组织结构显影非常清晰，可清晰地观察新生儿的脑部发育情况，其次是判断新生儿有没有核黄疸，如果新生儿有病理性黄疸，会出现胆红素水平明显增高，给新生儿做核磁共振时，如果新生儿脑部没有异常，基本可排除新生儿核黄疸。
新生儿做核磁共振是没有影响的。核磁共振成像是利用电子计算机，对人体断面进行图像分析诊断的检查方法，不用X线，而是磁场，基本原理是人体所含氢原子在强磁场下，给予特定的高波后发生共振现象，产生一种高波数的电磁波。
儿童做脑部核磁是没有什么伤害的，因为影像学检查中有辐射的是头颅ct，X线。核磁只是利用磁场来进行检查的，跟射线是没有关系的，所以没有放射性危害。噪音大，这一点来说对孩子会造成一些不适。
新生儿做核磁共振没有影响，磁共振对新生儿疾病的检查优于CT诊断技术，磁共振检查对胎儿没有任何不利的辐射和伤害。利用磁共振检查要比CT的诊断更加明确，如果在上新生儿需要进行影像学检查，首选磁共振检查。
新生儿病情需要时可以进行磁共振检查，比如考虑宝宝存在缺氧缺血性脑病、血管畸形、胆红素脑病、低血糖脑病、发育异常、脑栓塞等情况时，必须要进行核磁共振检查。核磁共振检查与CT不同，是利用磁场的原理进行检查。