小儿口腔疱疹两周后会自愈，口腔疱疹是一种由于单纯性疱疹病毒感染引起的疾病，容易复发，平时注意口腔护理，要注意小儿的饮食，多饮水，多吃水果蔬菜，吃清淡的食物等。
小儿口腔疱疹是可以自愈的，大概需要1~2周的时间可以自愈，小儿口腔疱疹需要保持口腔的清洁卫生，经常用温开水帮助宝宝漱口，尽量做好口腔的清洁和消毒工作，避免使用刺激性的药物，多给宝宝喝些温开水，尽量吃些去火的食物。
小儿口腔疱疹通常在7天到14天左右可以恢复好，具体的时间要根据疱疹的数量或原因来决定。
1.7天能好：唾液传播或经常咬手指引发的炎症感染导致的口腔黏膜出现红肿，疱疹性口炎，数量较少时，需要遵医嘱通过抗生素来治疗，比如青霉素注射液、红霉素片等药物，可以缓解局部的炎症。
2.14天能好：手足口病或病毒性引起的口腔疱疹，导致小儿口腔内疱疹数量较多，恢复的时间较久，大概在14天左右，需要遵照医嘱使用抗病毒的药物来治疗，比如蓝芩口服液、康复新液、利巴韦林片等。
在日常生活中要注意补充维生素，可以有效的增加宝宝的抵抗力，给宝宝多喝温水或多吃富含维生素较高的水果。
一般情况下，小儿口腔疱疹可能发烧3-4天，具体分析如下：
儿童口腔疱疹主要是因为病毒性感染所致，出现发热3-4天，出现了急性高热和咽部疼痛症状，可以服用一些抗病毒的药物，例如用利巴韦林气雾剂在孩子的嘴巴上喷洒，可以服用儿童咽扁颗粒，如果温度高于38.5℃，可以服用一些布洛芬混悬滴剂，还可以通过物理疗法进行降温，例如用酒精、温湿的毛巾擦孩子的手掌，足底，腹股沟等静脉充盈的地方，促进其散热。
小儿口腔疱疹发烧通常是受细菌和病毒感染引起的，建议进行针对性治疗。
小儿口腔疱疹发烧的原因可能是吃了过热过硬的食物，或清洁小儿口腔的时候用力过大，损伤了口腔内膜而发生的发炎、溃烂，会让小儿出现上呼吸道感染，导致发热，此时口腔容易受细菌和病毒感染，引起口腔疱疹。营养不良的小儿发病率较高，平时要多加注意。当体温达到38.5度时，可以进行温水擦拭来降温，或遵医嘱给小儿使用退热药物，无法控制的时候需要去医院及时就诊。
小儿口腔疱疹也称为疱疹性口腔炎，发烧时间为3-4天左右，是口腔黏膜急性浆液性的炎症改变，好发在三岁以下的儿童。小儿口腔疱疹是由病毒感染引起的疾病，通过皮肤黏膜、消化道和呼吸道的接触而感染。属于自限性疾病，病程为1-2周左右，在发烧1-2天之后口腔黏膜会出现单个或者多个疱疹，可有瘙痒以及疼痛。