肛瘘早期为肛周脓肿，其较表浅时，表现为疼痛、肿胀、发烧；较深部的脓肿，外表无表现，仅为肛管胀、不舒服及部分全身表现，易造成误诊。当脓肿用药后或自行溃破一段时间未愈合，会形成瘘管，引起肛瘘。
肛瘘的临床表现是外口反复流出少量的脓性分泌物或者粪水，分泌物时多时少，由于分泌的刺激可引起肛周皮肤瘙痒，有时还有气体从外口溢出。如果外口关闭，由于引流不畅可再次出现肛周脓肿的表现，如局部的红肿热痛，严重者可出现发热，乏力等全身中毒症状。
小儿肛瘘发病部位多在肛门两侧，瘘管多呈浅在、单纯、垂直。复杂而瘘深的较少。如果男孩或女孩发生肛瘘，其临床表现各有不同。男婴儿肛门发炎后红肿疼痛，形成脓肿后肛周皮肤肿胀光亮，中心软化，破溃后流出脓液而形成肛瘘，腹泻时大便从瘘管口流出。反复发炎脓肿破溃则成为慢性肛瘘。
南方医院，省妇幼保健院，六院等三甲医院。肛瘘的特点是反复不愈，外瘘口的皮肤常有假性愈合现象，有时肛瘘外口处的皮肤像个米粒大小的皮肤下陷或小疤痕；有时外表像一块小腐肉，但不久瘘口处出现红肿，接着破溃出脓。
首先是感染因素，新生儿或小婴儿，由于皮肤娇嫩，抵抗力低，特别是肛门周围的皮肤，经常受粪便的污染，肛门括约肌松弛，造成直肠、肛门粘膜外翻，更易受损。肛门局部感染或全身败血症经血液循环感染，形成肛旁脓肿。平时注意饮食，多喝水，防止上火和便秘。