是由于在发育过程中心脏出现停滞或者是有缺陷导致的，也可能与母亲在孕期中饮食中出现问题，或者是采用过药物相关，孕妇缺乏某些微量元素或基因缺陷，也会影响胎儿心脏的发育。
目前公认的因素包括母亲孕期感染，尤其风疹病毒感染，以及孕妇怀孕3到4月时不恰当的用药、感冒，是引起先天性心脏病的主要因素。其它因素包括遗传因素、环境因素。如接触不良放射线、环境污染等。
引起先天性心脏病病因有内因和外因，内因主要与遗传有关，外因中主要与宫内感染有关。目前认为先天性心脏病的发生是胎儿周围环境因素与遗传因素相互作用的结果。在胎儿生长发育阶段，若有任何因素影响了心脏胚胎发育，使心脏某一部分发育停顿或异常，即可造成先天性心脏畸形。
先天性心脏病是先天性的因素引起，先天性因素与孩子基因有关系。是否受到射线的影响，还有与孩子妈妈在怀孕期间是否服用产生畸形的药物有关系。目前科学技术验证发现，更多的是环境因素和基因突变联合造成的结果。很多家长如果想明确知道先天性心脏病是如何引起，建议孩子父母、孩子先做基因筛查，如果筛查结果没有明确基因突变，可能是环境因素，再加上基因因素共同作用的结果。
一般情况下，先天性心脏病可能会引起贫血，具体内容如下：
如果患者患有先天性心脏病，心脏通常存在发育异常的情况，这可能导致患者身体的血液循环受到影响，从而出现贫血的症状。因此，先天性心脏病有可能会导致患者出现贫血的情况。但是，并不是所有的贫血都是先天性心脏病造成的，营养不良等因素也可能导致患者出现贫血的症状。
先天性心脏病引起的智力低下，是不好治的。先天性心脏病的射血功能降低引起大脑供血不足，大脑的脑细胞功能受损，发育不好引起的。并非是心脏病导致的智力低下。二者均为染色体问题导致。