病毒性脑炎恢复的周期在1-3个月的时间，现在头疼可能是一个恢复后期的表现。现在要到专业的儿童医院，必要时可以选择脑脊液的穿刺检查，这样才能做出一个明确的判断。一般并不会有明显的疼痛现象。
病毒性脑炎头疼表现的部位是不一样的，也不是确定的某个区域。病毒性脑炎由各类病毒引起，由于病毒毒性、侵犯脑内部位不同，引发的症状也不同。病毒性脑炎主要症状为精神行为异常，可引起肢体无力，头痛，呕吐，甚至偏瘫。
首先要排除有病毒感染造成的后遗症的情况。去医院检查一下血象或者是脑部的多普勒，根据检查结果再考虑针对性用药。这几天可以多喝水，加速药物从体内代谢，同时多注意休息。
病毒性脑炎，是因为头内部发生炎症从而导致头疼，所以会有长时间的头痛现象，往往伴随着消炎的过程，头痛症状减轻。如果孩子脑炎发作，因为孩子的免疫力还是太脆弱，所以要及时进行治疗，避免其他恶化的症状发生。
通常情况下，儿童脑炎好了头疼可能是脑炎的后遗症。具体情况分析如下：
脑炎是大脑实质的急性炎症，一般会出现发热、恶心、呕吐、意识模糊、头疼等症状，如果儿童之前的病情较为严重，或者未及时进行治疗，可能会出现儿童脑炎好了头疼的情况，家长可以按照医嘱给儿童使用安宫牛黄丸、清热醒脑灵丸、安脑丸等药物进行治疗。家长还可以按摩儿童的头部，缓解儿童的头疼。
儿童出现发热后出现头痛，伴有呕吐症状，这可能与小儿病毒性脑炎有关。小儿病毒性脑炎是儿科比较常见的由病毒引起的中枢神经系统感染性疾病，病情轻重不等，危重者呈急进性过程，可导致死亡及后遗症。主要是对症治疗，如降温、止惊、降低颅内压、改善脑微循环、抢救呼吸和循环衰竭。
