三个月的孩子出现咳嗽症状，可能是以下原因导致:
1、呼吸道的因素，比如呼吸道感染，有上呼吸道感染，下呼吸道感染肺炎，经常会咳嗽，喉炎也会咳嗽，气道高反应性也会咳嗽。
2、局部因素，比如解剖发育上特点，小婴儿的胃是横位，喷门口比较松，幽门的口比较紧，容易胃食道反流，胃食道反流就导致咳嗽，呛奶以后也会咳嗽。
如果婴儿早上咳嗽几次，没有问题。如果咳嗽很严重，可能是上呼吸道感染的问题。可以先给宝宝一个相对安全的饮食疗法，比如吃大蒜和冰糖开水，喝一点，保暖，避免感冒。如果婴儿的症状继续没有改善，让医生来看看，选择一种相对安全的药物进行对症治疗。
三个月宝宝咳嗽、鼻塞可能是呼吸道感染导致的，具体分析如下：
三个月宝宝咳嗽、鼻塞，可以判断存在呼吸道感染。常见的有打喷嚏、发烧、咳嗽、流鼻涕等症状。建议带着孩子到医院检查一下血常规和炎症指标，看是不是病毒感染引起的，还是细菌感染引起的。如果是病毒感染，可以服用一些抗病毒的药物。如果是细菌感染，可以服用抗炎的药物。要注意肺部感染，要做胸部X光检查。
一般情况下，宝宝每天早上醒来咳嗽如果宝宝没有出现发烧症状，首先要做好血常规、支原体等相关的诊断。如果不发烧，不咳嗽，应该是因为唾液呛到了，一般只有早上流了很多扣税的时候才会有。如果宝宝经常出现咳嗽，还会出现痰、气喘等症状，这种情况多是因为湿疹或有家族过敏史，所以一般使用孟鲁司特进行喷雾疗法是有效果的。如果出现喘气症状，可以通过过敏原检测和肺功能检查来进一步确诊。
醒来就咳嗽的现象还是比较常见的，最常见的原因还是发生了呼吸系统感染，在晚上睡觉的时候人体的咳嗽中枢会受到抑制，所以咳嗽的现象就会减弱，会出现睡着不咳嗽，醒来的时候就会出现咳嗽。
三个月宝宝咳嗽可能是生理原因引起的，也可能是存在疾病。
三个月宝宝咳嗽，要看小孩咳嗽的程度。如果只是咳一声、半声或者偶尔咳嗽，可以遵医嘱用甘草口服液，然后进行观察。宝宝在喝完奶后会出现咳嗽，要注意是否有一点噎着，因为奶量多了，宝宝还没有下咽。在给宝宝喂奶之前，可以用手指捏着宝宝妈妈的奶嘴，避免给宝宝喂奶。还要注意宝宝是否有打喷嚏、流鼻涕、发烧等症状，如果是感冒了，可以遵医嘱服用抗病毒、止咳的药物。母乳喂养的孩子要注意饮食，海鲜、鱼虾、肉、膨化剂、添加剂、小零食油炸、油腻、辛辣刺激的食物都要尽量少吃。如果宝宝咳嗽加重，可作雾化。出现呼吸困难、喘息等症状时，要及时就医。