宝宝囟门凹陷可能是脱水、营养不良、遗传代谢性疾病等原因导致的，具体分析如下：
宝宝囟门凹陷可能是由于宝宝出现高烧、肺炎等，会造成呼吸和心跳加速，从而造成不明显的脱水；小儿尿量减少，囟门凹陷，严重时可导致电解质和酸碱平衡失调。其次为因营养不足导致的皮下脂肪减少、囟门凹陷、体重减轻等症状。还有可能是遗传代谢性疾病导致的，主要表现为囟门凹陷以及过早闭合、头围小等。
宝宝囟门小是颅骨结合不紧所形成的颅骨间隙。囟门是宝宝体检中的常规项目，但是单独去看待囟门大小或者闭合时间意义不大。囟门大小需要根据月龄、尤其头围发育情况判断其意义。如果头围发育正常，即符合同龄同性别儿童的数值范围。
囟门发育不良与孩子缺钙有很大的关系，同时有一些遗传因素，孕期缺钙或者营养不良，与孩子出生后囟门发育不良也有一定的关系，但这都可以慢慢的改善。必要的时候也可以辅助用些药物治疗。
一般情况下，婴儿囟门小可能是头颅狭小导致的，也可能是正常的发育情况。具体内容如下：
1.头颅狭小：胚胎时母体有感染或其他原因可能会导致婴儿的头颅狭小，自然而然会导致囟门小。
2.正常发育的情况：如果婴儿本身的体型比较小，也会导致囟门小，但这通常是正常的，家长不用过于担心。
建议家长及时带婴儿前往正规医院，在医生指导下进行对症治疗，以免延误病情。
囟门增大是由脑积水或其他原因所致的颅内压增高引起，宝宝出生时后囟很小或已闭合，仅能容一指尖的大小，最迟约生后6-8周闭合。前囟出生时斜径大约有1.5-2.5厘米，生后6个月，随着颅骨逐渐骨化而渐渐变小，通常在1岁～1岁半闭合。
囟门发育不良与孩子缺钙有很大的关系，同时也可能是遗传因素、孕期缺钙或者营养不良导致的，必要的时候也可以辅助用非药物治疗，饮食当中多摄取一些含有猪肝，瘦肉，鱼肉等辅食，不要喝酸性的饮料，平时也应增加日照时间，可以适当进行户外活动。