x射线的危害主要是辐射，对于孕期辐射较严重，可能会引起胎儿畸形。但是孩子已经出生，对孩子的辐射相对较小，不长期接触一般问题不大，这个是根据检查需要选择的，注意检查孩子肠道疾病，特别是对于肠套叠。
新生儿做消化道造影的危害在于辐射损伤、误吸、药物损伤等
婴儿的抵抗力较弱，容易受到病毒的侵袭，消化道造影检查会伤害婴儿正常的细胞，通常容易出现呕吐、头晕、发烧等症状。如果婴儿病情较为严重，则需要进行消化道造影检查，尽快确定病因，及时进行治疗。对婴儿做好相关的护理措施，减轻造影检查对身体的不良影响。可以用超声、磁共振等检查代替。
婴儿贫血危害表现为生长发育迟缓，免疫力低下易染病，长时间的贫血会伤害宝宝的智力，例如，影响消化系统消化吸收功能、肌肉的运动功能、智力发育障碍及免疫功能降低，宝宝身体虚弱，很容易患上感染性疾病。同时由于缺铁性贫血症还可导致儿童营养缺乏症、神经系统发育不良等一系列问题，严重时甚至危及生命。婴儿贫血，对身体成长、智力发育都是有害的，铁需及时补充。
宝宝出现贫血之后，必要时可以服用琥珀酸亚铁口服液进行治疗。
在做造影以后会导致穿刺的地方有损伤，而损伤则包含有血肿，出血和血管损伤等。有的人本身对造影剂过敏，就会导致因为过敏而诱发的很多问题。在造影的时候可能会受到x光机照射，而x线本身就属于一种对人的身体有一定伤害的射线，所以，做造影次数不能太多，次数太多就会引发比较严重的后果。
有可能出现局部的血肿，心律失常，也有可能会出现造影剂过敏，皮肤，发红瘙痒，低血压，头晕等。比较罕见的，还有可能出现造影剂肾病。另外手术操作如果不当，有可能引发严重并发症，比如空气栓塞，有可能造成急性心肌梗死，危及生命。
心脏造影检查包括超声心脏造影检查及DSA，DSA检查除了射线辐射外，就是造影剂具有一定的肾损伤，因此一般做完造影检查后根据身体情况多喝温水，可以有效促进造影剂快速代谢掉，风险就是血管破裂导致出血性休克，甚至死亡，当然随着技术的成熟，这种风险几乎约等于零，心脏造影检查一般可以明确先心病，冠脉狭窄程度。