新生儿在转换奶源的过程中，最容易出现的不良反应即为消化道症状，可以表现为腹泻，便秘，呕吐等情况，如无特殊原因不建议反复更换奶源。奶粉与奶粉之间的转换中，需要采取逐渐由少至多的替换式转换，即新品牌的奶粉逐渐由少至多逐渐替换全品牌奶粉，但由于出现腹泻等特殊症状，需要转换为特殊用途的奶粉，如腹泻奶粉，水解蛋白奶等情况时可以直接转换，无需由少至多逐渐转换。
新生儿胀气需辨别生理性和病理性：生理性可能喂养的食物糖分含量较高引起胀气，则无需特别处理；病理性：感染引起，如肠炎，可引起胀气，按肠炎处理即可。肠梗阻包括急性肠梗阻和功能性肠梗阻，功能性肠梗阻多由感染引起，抗感染即可。急性肠梗阻可由肠出血引起，或先天性肠闭锁、肠旋转不良、肠狭窄，则需外科治疗。如果发现新生儿总是肚子胀则需去医院就诊。
新生儿在打完卡介苗后一般会出现发热和注射部位的皮肤红肿的不良反应，小部分新生儿有对疫苗过敏，可能会出现皮疹。如果体温不高，家长不要担心，加强护理和喂奶充分，体温会自行恢复。如果皮疹是散在出现的，也不需做任何处理，过几天就会自行减退。
如果转奶时孩子出现不适，应该根据情况暂停或者减少新奶粉。由于不同的奶粉配方会稍微有些不同，如铁元素、益生菌等，所以会导致孩子在转奶后大便颜色、质地、次数产生了变化，这是正常的。在转奶期间不要添加新的辅食，以免增加孩子的肠胃负担，也避免出现过敏情况时难以分辨过敏原，还有不要频繁给孩子更换奶粉。
新生儿乙肝疫苗接种后会出现瘙痒、红肿或伴有轻度疼痛、小硬结，这是局部皮肤反应，全身反应，可以出现发热，多数为低热，也有少数出现高热，通常一天内消退。还有的出现疲劳感。
1、新旧混合换，与将要替换的奶粉掺和饮用，尽可能在原先使用的奶粉中适量添加新的奶粉，开始可以量少一点，慢慢适当增加比例，直到完全替换。2、按顿换，三天增加一次，第一次换，先换中午的那次，吃上三天，然后每三天增加一次，顺序是中午下午早上，最后是晚上。在宝宝一岁前最好不要换来换去，但是过了一岁之后，宝宝的消化和吸收系统比较成熟，这时需要换另外一种奶粉，这样才能均衡营养，让它更好地吸收。