宝宝发烧39.3不会对大脑影响，发烧只是一个症状，证明身体内有炎症，但是如果感染是因为神经系统的炎症导致，那么因为炎症本身会损伤，脑组织会出现神经系统的后遗症，而不是因为发热烧坏的脑子。
如果不是长时间持续高烧，一般不会影响到大脑，在这期间建议尽快采取降温，用药物进行治疗。如果采取物理降温效果不好的情况下，可以用带冰帽的方式来起到降温的作用。也可以洗温水澡，这样能够起到快速降温的作用。
通常情况下，宝宝如果发烧，建议不要做推拿。具体情况分析如下：
发烧是在致热原作用下或各种原因下引起体温调节中枢的功能障碍时，体温升高超出正常范围的一种现象，主要症状为食欲不振、手脚冰凉、头热、头痛等，宝宝因为发烧身体不适，如果此时再做推拿，可能会加重宝宝的不适感，因此小宝宝如果发烧，建议不要做推拿。
家长可以按照医嘱给宝宝使用具有清热解毒功效的药物来帮助宝宝退烧，比如小儿热速清颗粒、小儿柴桂退热颗粒、小儿豉翘清热颗粒等。
宝宝发烧推拿的办法是把宝宝置于仰卧状态，用1只手握住宝宝的手，同时用另1只手的食指中指并拢，沾水从宝宝的手掌内经掌后腕至肘窝，单方向推100-200次；仰卧位，家长用2个拇指从宝宝两眉中间自下而上交替直推至发际线，每天推30-50次。
通常情况下，宝宝发烧，家长可以通过使用药物、日常护理等方式进行降温。具体情况分析如下：
使用药物：宝宝发烧，家长可以按照医嘱给宝宝使用小儿双金清热口服液、小儿柴桂退热颗粒、清开灵颗粒等药物进行治疗。
日常护理：宝宝发烧，家长应注意及时给宝宝添衣，给宝宝多喝热水，注意保持宝宝的房间温度适宜，以促进宝宝身体的恢复。
一般情况下，宝宝发烧两天了都没退是否会烧大脑需根据实际情况来判断，具体内容如下：
如果孩子的高烧持续了两日还没有消退，那么正常来说不会烧到脑部，但是如果出现了高温，那么脑细胞会发生变性、坏死，从而造成脑部的损害，如果是由于发热的原因，则会造成脑部的损害，例如：病毒脑膜脑炎、化脓性脑膜脑炎等。孩子发热后两日要做好温度监测，在高烧期间要注意服用布洛芬等退烧剂，并找出原因并采取相应的措施。