灌肠对肠粘膜可造成不同程度损伤。
灌肠是将一定量的溶液直接注入直肠结肠，刺激直肠结肠的蠕动而引起排便，但是可引起肠粘膜水肿、易拉肚子，可有腹痛，不过一般是一过性的，不发生肠炎之类的疾病，无法服药，则可考虑灌肠。如果需要长期使用，最好还是要用一次性肛管，因为肛管套在直肠里比较舒服。儿童一般不宜灌肠多使用肛塞药品，肠道黏膜薄弱，完全吸收药品。
一般来说，长期灌肠对人体的危害是有很多的，具体内容如下：
1.长期灌肠对肛门括约肌会有损伤，有可能出现肛门括约肌失调，从而导致大便失禁或排便反射减退。
2.长期灌肠还有可能损害肠道的黏膜，药物洗剂肠道黏膜，容易增加患病的风险。
患者在治疗期间注意清淡、易消化饮食，尽量避免吸烟饮酒，减少高热量、刺激性、生冷食物的摄入。还可适当进行体育锻炼，有助于增强体质。
直肠黏膜皱褶少，无绒毛，吸收面积小，药物吸收比较缓慢，进入血液循环的药量特别有限。另外，灌肠也不是一种安全、无菌的给药方式，肠道内含有很多细菌，有可能随着滴入液进入肠道深处，造成污染。
在灌肠过程中，患儿会出现面色苍白、出冷汗、剧烈的腹痛、心率加快、气急，时候应该立即停止灌肠，灌肠的时候一定要特别注意，灌入的灌肠液，不能够过快过猛，更换灌肠器械的时候，要防止空气进入，要避免直肠内的液体返流。
通常情况下，小儿叠肠灌肠后出现腹泻是很常见的现象。灌肠可以减轻肠胃的压力，帮助消化道排泄。另外还需要进行静脉营养和抗生素的注射。随时注意病情的变化，如不能改善，必须尽快进行手术，避免延误。由于儿童的各项器官还不十分成熟，免疫力也比较低，建议平时要做好相关护理，避免受到疾病的侵袭，一旦出现不适要及时就医治疗。
一般情况下，小儿灌肠不会引起肠炎，肠炎是由细菌、病毒、真菌、寄生虫等引起的。
一般急性肠炎后，灌肠是最有效的治疗方法，尤其是小儿腹泻时，灌肠效果很好，容易接受，且无副作用。
需要注意的是，家长要让保证孩子充足的睡眠，避免剧烈运动，同时禁止饮水，让胃肠得到充分的休息，等到腹痛减轻后再饮用。
另外，孩子在平时生活中还要注意保暖、多喝水、勤锻炼，多吃鸡蛋、牛奶等高蛋白的食物，以此来增强抵抗力。