如果是因为生长激素缺乏导致矮小症，可以通过打生长激素来治疗。如果是营养代谢性疾病、内分泌疾病、肿瘤、骨肿性疾病等，都可以针对这些原因进行治疗。如果是遗传性的矮小症，治疗效果并不好。矮小症最好的治疗年龄在3-12岁。医学研究表明，越是年轻的孩子，骨骺上的软骨层分化和增生就越活跃，身体的生长空间也就越大。如果使用生长激素治疗的话，年龄越小，剂量越小。
遗传矮小症有一定的治疗手段，但是作用比较小。
对于遗传性的矮小症，一般没有较好的方法来治疗，可以通过使用药物和日常护理来缓解。建议在日常生活中注意休息，保证充足的睡眠，饮食中富含营养，最好是加强锻炼，平时多晒太阳可以有利于补充身体的维生素D，维生素D对钙的吸收来说是必不可少的，然后多吃一些含钙的食物，帮助骨骼生长。必要的时候可以前往医院进行生长激素药物的注射，部分患者也是可以达到普通人的标准身高的。
矮小症诊断有诊断标准，参考的主要是2006年WHO的标准，具体如下：
身高低于同年龄、同性别儿童第三百分位以下或两个标准差以下，每年生长速度低于5cm-7cm，可以诊断为矮小症。诊断为矮小症后要做骨龄检测，看骨龄是超前还是落后。要做生长激素激发试验，检查性激素、甲状腺功能、染色体和基因检测、头颅和垂体磁共振等项目。目的是明确病因，排除特殊疾病，为孩子治疗做准备。
矮小症最佳治疗时间是3~12岁。
矮小症是小儿内分泌科的一种常见病症，一般小于同龄人两个标准差就是矮小症。矮小症应该尽早进行治疗，如果是女性来例假后，男孩的嗓音发生了变化，说明孩子已经到了青春期，这时候进行干预可能会起到很大的作用。最关键的是，在早期介入的过程中还有很大的余地，而且有的孩子的体重也比较轻，治疗起来也会比较方便，所以在发现孩子个子矮小的情况下，要及时的进行治疗，这样才能达到最好的效果。如果在孩子的骨骺完全闭合之后，才进行干预，可能会没有效果，进而给孩子带来不良影响。
3-12岁是最好的治疗年龄，15-18岁之间，骨垢线已经关闭，再也无法长出理想的高度，这是由于原因和原因的不同，导致的治疗时间和方式也不尽相同。
根据医学的调查，越是年轻的儿童，骨骼中的软骨细胞就越是活跃，发育的余地也就越大。而使用生长素的话，越是年轻的儿童，服用的药物就会越少，花费也就会更低，所以最好是尽早的进行。随着年龄的增长，其生长潜能和作用也越来越明显。