矮小症的治疗主要包括原发病的治疗、心理辅导，以及药物治疗等，具体分析如下：
1.原发病的治疗：比如肾小管酸中毒引起的矮小症，在对症消除病因以后，身高增长可以慢慢恢复。还有一些因为颅脑外伤、放疗、肿瘤引起的继发性生长激素缺乏症，要对症进行外科或者手术治疗。
2.心理辅导：主要是因为患者身材矮小，容易受到同龄人的嘲笑，患者可能会产生自卑、不愿接触人群及社会等消极心态，应该帮助建立对疾病正确的认识，保持积极的心态。
3.药物治疗：主要是采用重组人生长激素进行治疗，生长激素除了用于生长激素缺乏性的矮小症。
遗传矮小症有一定的治疗手段，但是作用比较小。
对于遗传性的矮小症，一般没有较好的方法来治疗，可以通过使用药物和日常护理来缓解。建议在日常生活中注意休息，保证充足的睡眠，饮食中富含营养，最好是加强锻炼，平时多晒太阳可以有利于补充身体的维生素D，维生素D对钙的吸收来说是必不可少的，然后多吃一些含钙的食物，帮助骨骼生长。必要的时候可以前往医院进行生长激素药物的注射，部分患者也是可以达到普通人的标准身高的。
中医对于治疗矮小症有一定的效果。
矮小症有可能是由于脾肾亏损、气血不足导致的，所以要注意平时的生活要均衡，平时要注意饮食。尤其是小儿病人，其与父母的膳食安排有密切的联系。因此要根据具体的病因来进行调理，适当的中成药是可以的。矮小症是因为肺、肾两亏所致。可以选择服用补肺汤和河车大造丸。如果因为是因为肝肾阴虚，所以可以用大补阴丸加减中药方来治疗，中医可以治疗矮小症，也可以起到缓解的作用。
矮小症最佳治疗时间是3~12岁。
矮小症是小儿内分泌科的一种常见病症，一般小于同龄人两个标准差就是矮小症。矮小症应该尽早进行治疗，如果是女性来例假后，男孩的嗓音发生了变化，说明孩子已经到了青春期，这时候进行干预可能会起到很大的作用。最关键的是，在早期介入的过程中还有很大的余地，而且有的孩子的体重也比较轻，治疗起来也会比较方便，所以在发现孩子个子矮小的情况下，要及时的进行治疗，这样才能达到最好的效果。如果在孩子的骨骺完全闭合之后，才进行干预，可能会没有效果，进而给孩子带来不良影响。
3-12岁是最好的治疗年龄，15-18岁之间，骨垢线已经关闭，再也无法长出理想的高度，这是由于原因和原因的不同，导致的治疗时间和方式也不尽相同。
根据医学的调查，越是年轻的儿童，骨骼中的软骨细胞就越是活跃，发育的余地也就越大。而使用生长素的话，越是年轻的儿童，服用的药物就会越少，花费也就会更低，所以最好是尽早的进行。随着年龄的增长，其生长潜能和作用也越来越明显。
矮小症患者通过及时有效的治疗，一般可临床治愈。
矮小症一般针对其发病原因进行治疗。由生长激素缺乏所致身材矮小，治疗时间约为两年。由性早熟所致的矮小，治疗时间约为1.5-2年。只要达到成年男性身高1.6米以上，女性身高1.5米以上，即为临床治愈。儿童若诊断为矮小症，应尽早治疗，促进患者的生长达到正常平均水平，一旦错过治疗最佳时机，骨骺端已经愈合，则无法达到理想的治疗效果。所以，家长应该时刻关注孩子的生长，发现异常及时到正规医院诊断治疗。