矮小症的原因有很多，拍核磁共振可以尽快的帮助确定病因。
头部核磁共振主要是为了观察头部的垂体变化。生长激素不足性矮小是由于脑下垂体的发育不良，或是因为创伤造成的骨折，都会影响到生长激素的产生，从而造成生长因子不足的矮小症。另外，某些特发性矮小症的病人，为了提高身高，促进发育，还应该进行脑部的核磁共振检查，如果是因为有了微小的腺瘤，就不能使用生长激素了。
矮小症是一组因遗传或疾病因素导致的生长发育障碍性疾病，指儿童身高在相似生活环境下，低于同年龄、同性别正常儿童平均身高2个标准差，或身高每年增长低于4～5cm。矮小症是由多种原因引起的。建议到正规医院做核磁共振检查，垂体MRI可以清楚地显示垂体的形态和信号，这对矮小症的临床病因诊断、治疗方案制定、预后判断具有重要意义，是矮小儿童首选检查方法。
一旦诊断出了矮小症，就需要做头颅核磁共振。头颅MRI主要是为了确定孩子是否存在下丘脑垂体的发育，以及是否存在器质性的疾病，特别是肿瘤。除了做头颅核磁共振检查之外，还需要做身体检查，检查孩子的身高、体重、身高的年增长速度，同时还要做一些化验，包括血、尿、肝肾功能、生长激素激发试验、IGF-1等检查，同时还检查甲状腺功能、性腺轴的功能。儿童也要做骨龄检测，女性儿童也要做染色体检测。
所有的矮小症都需要做核磁共振检查，垂体是分泌生长激素的地方，如果垂体发育不良或者外伤会导致生长激素分泌减少，而矮小症需要排除垂体的微腺瘤才能治疗。
除此之外，还需进行激素分泌检查，通常需要明确出现该病症的病因，并对症进行治疗。平时，家长需要注意保持宝宝营养摄入均衡，可适当运动，促进身体吸收，可以改善病症。
一般情况下，小儿矮小症与小儿体内的激素水平有一定的关系。通常需要重点注意小儿的头部、垂体部、肾上腺等部位是否发生病变。有矮小症的小孩通常需要做磁共振检查，能够发现头部、垂体、肾上腺分等部位的微小病变，因为磁共振检查的分辨率比较高，能够发现微小的病变。因此，小儿矮小症有必要做核磁共振。如果小儿患有矮小症，应及时就诊，在医生的指导下进行治疗。
如果已经确诊为矮小症，那么在使用生长激素进行治疗前要先进行脑部的核磁共振检查。脑下垂体是许多荷尔蒙的来源，尤其是生长荷尔蒙，若有瑕疵，则会造成生长荷尔蒙不足而造成身材矮小。矮小症的患者可以及时前往正规医院，在医生指导下使用生长激素来治疗，对于身高的增长作用也是比较好的。肾上腺皮质功能减退者，可以选用氢化可的松进行治疗。