矮小症治疗方针要针对不同原因采取相应治疗措施，适当进行营养、运动及心理治疗、激素替代治疗、补充所缺激素等。常见的有基因重组的人生长激素、促生长激素释放激素及性激素等。
在药物治疗上主要应用生长激素，生长激素适用于生长激素不足、宫内生长迟缓、特发性身材矮小、先天性软骨发育不良、家族性身材矮小、主动请求治疗的人群。基因重组人生长激素替代治疗已经得到了广泛应用，其治疗应该一直延续到骨骺愈合。
遗传性矮小症是指一些发育正常、体型对称、突发性生长明显、性器官发育良好的儿童，是完全健康和正常的，唯一的体征是身材相对矮小。建议通过以下方法改善：
1。注意合理搭配，多样化饮食，即粗细搭配，荤素搭配，不挑食，不偏食，更不能吃太多零食，影响重要营养物质的吸收。
2、在确保营养供给丰富，体育活动对促进身体发育，增强体质效果最好。锻炼能促使遗传潜力的最大化。
如果症状比较严重，需要及时就医检查，排除相关疾病。
矮小症可以酌情给予营养、运动和心理治疗、病因治疗、激素替代治疗。矮小症是指儿童的身高低于同性别、同年龄、同种族儿童平均身高的2个标准差（-2SD，标准线称SD），每年生长速度低于5厘米者。
矮小症是一种躯体生长障碍，主要是由于垂体生长激素（GH）缺乏或生长激素生物效应不足所致，又称儿童激素缺乏症。3岁孩子得了矮小症，首先要找出引起矮小症的原因，不同的病因治疗方法也不同。目前的治疗方法有营养、运动、心理疗法和替代疗法，替代疗法是根据孩子缺乏哪种荷尔蒙而给予替代疗法。要定期进行身体检查，观察孩子身高增长速度，加强体育锻炼，保证充足睡眠。
宝宝矮小症，通常可以通过使用药物、日常护理等进行治疗。
矮小症从医学上来讲一般称之为生长障碍，是指身高的绝对值或生长速度达不到正常的标准，儿童矮小症一定要及时治疗，越早治疗效果越好。治疗以药物治疗为主，通过药物促进体内生长激素分泌。在日常生活中要注意饮食要有充足的营养，营养要丰富，但是要避免辛辣的食物。加强体育锻炼，保证睡眠充足。
若孩子测量身高时筛查出可能矮小症，要进一步做矮小筛查，导致矮小症的原因有很多的因素影响，大多数是特发性矮小，即查不出具体导致矮小症的原因，可以到医院，根据医生指导用生长激素进行早期的干预，对改善身高有帮助，还有一些是继发性的矮小，如发育不良、头颅垂体损伤、甲状腺功能减低、性染色体问题等，这些情况要根据病因对症治疗。