新生儿疾病筛查都查先天性代谢病及内分泌病等。
苯丙酮尿症、先天性甲减、先天性肾上腺皮质增生症、G6PD酶不足（也就是蚕豆病）。需要采集足底血、送血滤片等。采血时间为产后3天，喂饱6次或更多。注意：如果是中枢性甲状腺功能低下，这种检查是无法发现的，如果治疗不及时会导致宝宝生长发育迟缓，建议新生儿要积极进行疾病的筛查。
新生儿疾病筛查是指通过血液检查对某些危害严重的先天性代谢病及内分泌病进行群体过筛，使患儿得以早期诊断，早期治疗，避免因脑、肝、肾等损害导致生长、智力发育障碍甚至死亡。检查项目一般包括苯丙酮尿症、枫糖尿症、组氨酸血症、半乳糖血症等。对阳性可疑病例，则进行复查，若仍为阳性则需要进行反馈。在检查前，建议按摩或热敷婴儿足跟，使其充血。
新生儿疾病筛查五项，主要指苯丙酮尿症、先天性甲状腺功能减低症、先天性肾上腺皮质增生症、半乳糖血症以及儿童是不是患有蚕豆病，这五项疾病是儿童筛查最主要的几项。
如果儿童患有先天性甲状腺功能减低症，体内甲状腺激素水平会非常低，会造成儿童运动发育的落后以及引起智力的严重落后，需要给儿童及时采用甲状腺素片的替代治疗。如果儿童患有苯丙酮尿症，也会造成发育的障碍，需要给儿童采用苯丙酮尿症的特殊饮食。
新生儿疾病筛查主要包括先天性甲状腺功能减低症、苯丙酮尿症以及部分新生儿遗传代谢病和新生儿听力障碍的筛查等多种。
不同医院的新生儿疾病筛查项目会存在部分差别，主要是通过对新生儿的足跟血液进行实验室诊断，以便早期发现某些先天性、遗传性、代谢性的疾病，早发现早治疗，避免新生儿出现智力、体格等方面发育障碍。
新生儿疾病筛查主要是对一些有较大危害性的先天代谢病进行人群筛查，以便及早发现和治疗，避免因脑、肝、肾等损害而导致生长和智力发育障碍。
筛查方案的制订要综合考量疾病的发病率、筛查技术的可行性、扩展性以及筛查疾病是否能够得到有效的筛查。临床上常见的检查项目有苯丙酮尿症、枫糖尿症、组氨酸血症、半乳糖血症等。
新生儿疾病的筛查可以在产科进行，新生儿疾病筛查是一种简单，快速的血斑试验，通过筛查，可以发现孩子是否患有先天性遗传病。
有些先天性代谢性疾病，虽然发病率不高，但却会严重影响孩子的智力发育，导致终身残疾，出生前无法诊断，出生初期也不会有任何症状，但一旦出现异常，就会对神经系统造成不可挽回的损伤，从而失去治疗的机会。