可以选择局部用药为主，复杂性霉菌性阴道炎治疗，基本同单纯性霉菌性阴道炎，但是无论局部用药或全身用药，均应延长治疗时间，加强药量，治疗期间的定期随诊也是十分重要的。
霉菌性阴道炎一般是指外阴阴道假丝酵母菌病，通常情况下，外阴阴道假丝酵母菌病可以通过药物、改善生活习惯等方式进行治疗。
经常应用的药物是制霉菌素，该药物可以抑制真菌的过度繁殖，经常有病人应用了该药物以后，就觉得症状好转了，可是过了一段时间以后，症状又出来了，这就是RVVC，即复发型真菌性阴道炎症。对于这样的病人，在治疗上确实是比较棘手的，而且我在门诊中见到过病人，一年可能出现3-4次，甚至5次，反复出现这种症状，在治疗的时候，不光要局部应用药物，局部要改变阴道的酸碱度，同时加上口服的抗真菌类药物，才能够达到很好的治疗效果，同时还要改变不良的生活习惯，比如熬夜、久坐不动的问题等。
霉菌性阴道炎可以通过局部和全身药物来进行治疗，具体分析如下：
霉菌性阴道炎可以选择复方苦参软膏、保妇康栓、妇炎宁栓、消糜栓等药物。抗霉菌药物主要有氟康唑、斯匹仁诺、制霉菌素片等。白念珠菌感染是导致霉菌性阴道炎的主要原因，西医制剂对念珠菌感染有显著的优越性，见效快，疗效显著。临床上可以选择西医，也可以通过中医的方法来进行巩固。
孕期霉菌性阴道炎的治疗方法如下：
改变阴道的酸碱度，如用碱性药物冲洗阴道，可用2～4%苏打液冲洗阴道，以改变霉菌的生活环境。一经确诊，就应积极治疗，力求彻底根治，比如可以选择唑类药物进行阴道栓塞治疗，否则会迁延不愈，反复发作，给患者带来诸多烦恼。应注意个人卫生，勤换内裤，用过的内裤、盆、毛巾等应用开水烫洗，并在阳光下晒干。
一般来说，制霉素片可以治疗霉菌性阴道炎。
制霉菌素片是一种常见的药物，用于治疗霉菌性阴道炎效果不错。不过使用这种药的治疗时间比较长。而且有些患者不能使用，使用后会出现恶心、呕吐、胃疼等严重的肠胃反应。霉菌性阴道炎一旦感染，就容易出现反复发作的情况，患者要注意避免日晒雨淋，防止交叉感染。如果性伴侣包皮过长、存在霉菌感染可能，也需要进行彻底的治疗，然后才能同房，以免导致霉菌复发。
如果产力、产道、胎儿都符合顺产标准，霉菌性阴道炎可以进行顺产。
一旦发生了阴道内环境的变化，就会引起阴道中的糖原增多，引起了假丝酵母菌的感染，从而导致霉菌性阴道炎。因此，如果怀孕期间出现了霉菌性阴道炎，可以用小苏打水清洗，然后使用阴道药物进行处理，并且在分娩过程中要进行严格的杀菌，这样就可以顺利生产，不会对孩子产生任何的不良反应；经过了严格的杀菌处理，就算是出现了裂伤和侧切，也不会对伤口造成的损伤。
患者要加强营养，多食营养丰富的食物，不宜吃生冷、刺激性食物；使用质量安全、柔软舒适的卫生巾，且注意及时更换；保持良好心态，学会自我调节情绪。