一般来说，顽固性霉菌性阴道炎，其治疗方法和单纯的霉菌性阴道炎是一个道理，主要是通过药物治疗来达到根治的目的。
顽固性霉菌性阴道炎是由假丝酵母菌感染所致，所以，必须要用到抗菌药物。首先，可以口服氟康唑，第二步是进行阴道局部涂药，常用咪康唑制剂、克霉唑制剂、制霉菌素栓等。同时，病人也要按照医生的指示用药，配合治疗，建立自信，才能更快的康复。
一般情况下，对患有顽固性霉菌性阴道炎者，可综合应用各种治疗方法，并适当延长疗程。
可以使用红核洗液加妇炎洁洗液行外阴及阴道冲洗，必要时加用碘伏以保持阴道清洁，也可口服克霉唑栓剂作辅助治疗。对于患有慢性宫颈炎以及宫颈糜烂者，则需要对其采取物理性治疗，如红外线照射、紫外线辐射等。治疗过程中应避免同房，保持饮食清淡，并注意清洁卫生。
霉菌性阴道炎本身就是很容易复发的，要提高免疫力，不要乱用抗生素，在用药治疗化验呈阴性后，还要继续巩固两个疗程。顽固的霉菌性阴道炎，需要去医院检查血糖，高血糖的妇女容易合并霉菌性阴道炎，需要治疗原发性疾病。在使用药物时，主要使用一些抗真菌药物。应该定期出去锻炼，增强身体的抵抗力，少用清洁液清洗阴道，以免破坏阴道菌群。
治疗霉菌性阴道炎，多采用药物的内服加外治的方法综合治疗。针对容易复发的霉菌性阴道炎，多选用上药治疗的基础上，再连续用药三个月经周期，即每次月经干净后，口服、外洗加上药一个疗程，连续三次查白带常规，霉菌转为阴性为止，可以较好的预防霉菌性阴道炎的复发。
顽固性霉菌性阴道炎患者在临床实践中对医生及患者造成了极大的困扰，因此在治疗中必须注意以下几点才能达到根治：
1、是进行阴道分泌物训练，进行了霉菌+药物敏感试验培养，临床上以试验室检查结果为准，然后有针对性地使用药物，从而实现有效治疗。
2、对反复发作霉菌性阴道炎患者，然后，性伴侣还应同时进行用药治疗，从而避免了日常生活交叉感染并导致反复发作。
3、一些生活习惯需要改变，如患者衣裤，特别是内衣内裤，必须与健康人单独洗涤，并且袜子不可以和内裤放在一起清洗。
4、在家里不要把自己的房间弄得乱七八糟。
如果存在霉菌性阴道炎，想要进行治疗，一般可以通过使用抗真菌的药物，而且本身霉菌性阴道炎它就是比较顽固的，这个在治疗的时候一定要注意不要性生活，平时以纯棉透气好的内裤为主，多注意局部卫生，不要吃辛辣刺激性生冷的食物，也尽量少吃甜食。
