巧克力囊肿是不能自愈的，所以得了巧克力囊肿一定要尽快的去当地正规的三甲医院进行医治，一般是通过手术和药物医治的，平时一定要注意饮食清淡，不要吃过于清淡的食物，平时要注意好的睡眠。
卵巢巧克力囊肿不能自愈。现在有巧克力囊肿的情况，不能治疗，如果现在囊肿比较小，可以服用药物进行治疗。是子宫内膜异位症的，就是进行性的痛经，可以药物或者手术治疗的。
巧克力囊肿自愈的性不大，除非绝经月经不来了，卵巢巧克力囊肿是可以慢慢自行吸收，自行消退。巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢而形成的，这个病的特点就是痛经，并且呈逐渐加重的趋势。
巧克力囊肿一般是不会自行痊愈。如果能放任其继续生长，会有一个破裂或者癌变的风险。巧克力囊肿有良性和恶性之分。囊肿直径小于三厘米，就为良性囊肿。大于三厘米，则为恶性囊肿。
初期巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿在不采取任何治疗措施的情况下可能不会自行恢复。有一种极为特殊的情况，即怀孕后，在孕期月经不会来潮，这些异位的子宫内膜就不会出血，也不会生长，则有可能慢慢萎缩，从而使得巧克力囊肿自行恢复。而除此之外，巧克力囊肿可能不会自愈。
卵巢巧克力囊肿不能自愈，可以用一些药物进行治疗，出现痛经，跟巧克力囊肿有关系。平时在生活方面也要注意每天都要多喝水，多吃青菜，少吃生冷辛辣的食物，性生活要保证好质量。