如果卵巢囊肿选择微创手术，在三甲级别的医院做，一旦用腹腔镜，费用至少20000元以上，一般是20000-30000元之间。以下为常见一般公立医院收费参考：卵巢肿瘤是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态，即一侧性或双侧性、囊性或实性、良性或恶性，其中以囊性多见，有一定的恶性比例。卵巢囊肿类型不同、治疗方法不同，手术难易程度和术后辅助治疗也存在不同。良性卵巢囊肿治疗费用约几千到一两万块钱不等；恶性或交界性肿瘤，手术范围较大，术后需辅助化疗等治疗方式，费用较高。
要进行常规的体格检查，抽血化验以及心电图、透胸透、血压的测量等。有特殊情况的还要做进一步的检查。确定身体可承受手术，充分做好术前准备灌肠、备皮。进入手术室，先进行输液、麻醉，开始手术、将卵巢囊肿剔除后要再次进行腹腔探查，无异常情况关腹，手术结束。手术后将卵巢囊肿，组织送去做病理检查。
通常情况下，卵巢囊肿手术可能会影响怀孕，也可能不会。具体分析如下：
卵巢囊肿手术是否影响生育与囊肿的大小以及手术方式有很大的关系。如果是单纯的良性囊肿，并且不大，通常不会影响患者怀孕。但是如果卵巢囊肿较大，在做手术时可能就会损伤到周围组织，如输卵管，子宫等，所以这种手术可能会影响怀孕。有时处理恶性的卵巢囊肿，可能会把同侧的附件也同时切除，那么就会导致怀孕的概率降低。
通常情况下，卵巢囊肿手术可能会流血，也可能不会流血，具体情况分析如下：
一般情况下，良性卵巢囊肿切除后，是不会流血的，或者由于切除后伤口的原因会有少量的流血但不会很多。此外，手术后可能有内分泌的失调，卵巢功能的紊乱，导致雌激素孕激素调节轴紊乱，子宫内膜脱落，那么会产生少量流血，都属于一过性的，一般会自然恢复，可以暂时观察。如果阴道出血量比较多，超过月经量，就需要及时回医院接受相应的检查，找到真正的出血原因。
小于3厘米的卵巢囊肿一般是不需要进行手术治疗的，患者一般没有明显症状，主要是在体格检查时偶然发现的卵巢囊肿，通常不用进行特殊处理，随访观察即可，过一段时间可以再做B超检查，观察囊肿有没有变大，或者有没有自己消失。对于比较大的卵巢囊肿或者恶性的卵巢囊肿，患者一般是需要进行手术治疗的，手术可分为囊肿剔除术和卵巢切除术。