输卵管囊肿通常是通过手术治疗的。如果早期没有得到有效控制，后期病情的发展可能会恶化。女性应该尽快去医院检查，找出病因，尽早治疗有效控制疾病发展。并根据检查结果进行有效的治疗。
输卵管囊肿通常由炎症感染引起，如内膜肿胀、间质水肿和渗出以及输卵管上皮脱落。属于附件囊肿。如果囊肿相对较小且生长缓慢，可不进行临床治疗，应观察一段时间。当发生急性输卵管炎时，如果不及时有效地治疗，可能会出现输卵管积脓和粘连。输卵管和卵巢可能包裹在里面。输卵管囊肿可能变大，严重的可能导致不孕。
输卵管囊肿可以采取药物治疗，与手术治疗。药物治疗主要是输卵管囊肿的最基础的治疗方式，因为囊肿大多数都是因为炎症感染引起，可以用抗菌消炎的抗生素药物治疗，如果在药物治疗之后没有明显的效果，囊肿反而增大的情况下，可以选择手术治疗。
目前输卵管囊肿的治疗方法只有手术。输卵管囊肿是附件囊肿的一种，多由炎症刺激引起，如果囊肿比较小，不需要手术治疗，可以密切观察。医生会考虑行卵巢肿瘤剥除术，尽可能保留部分卵巢组织，以维持月经及生育功能。腹腔镜手术腹部切口小，恢复快。
输卵管囊肿一般可以采取药物治疗，与手术治疗，药物治疗主要是输卵管囊肿的最基础的治疗方式，因为囊肿大多数都是因为炎症感染引起，可以用抗菌消炎药物治疗，如果在药物治疗之后没有明显的效果，囊肿反而增大的情况下，可以选择手术治疗。
输卵管囊肿一种严重的妇科疾病，它给身体带来的危害也非常的大。输卵管囊肿生长到一定的程度，就会引起输卵管的黏连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而会导致继发性不孕。输卵管囊肿引起管腔的闭塞、粘连，会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，这使受精卵到达宫腔产生障碍而容易发生宫外孕。