巧克力囊肿是因为子宫内膜异位到卵巢而形成的，一般怀孕是有困难的，现在已经怀孕，如果可以，还是留下比较好。但是如果本身囊肿较大，孕期也有可能会因为受到压迫而发生扭转、破裂甚至恶变，要按时检测彩超和终究标志物。
怀孕了有巧克力囊肿没有影响。
巧克力囊肿是因为经血排不出去造成的，如果怀孕了，就会长时间不来月经，这时候巧克力囊肿就会慢慢萎缩直至消失。不过，从万事万物的规律来看，事物总是会尽量向对自己有利的方向发展，既然怀孕会使巧克力囊肿消失，那么巧克力囊肿为了保护自己，也会减少患者的受孕几率，所以，巧克力囊肿对女性怀孕的影响是很大的。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
伴随有巧克力囊肿，同时怀孕的情况下，怀孕对这种巧克力囊肿有抑制卵巢囊肿增大的趋势的可能性。所以如果想要继续保留这种胚胎，在怀孕期间记住要定期复查B超，来了解卵巢巧克力囊肿的情况。
巧克力囊肿怀孕还是有一定的危险的，影响生育功能，如果得了巧克力囊肿，对于子宫内膜和卵巢都是一定的伤害，可能会导致排卵障碍，影响生育，如果得了巧克力囊肿，建议治疗康复以后再进行怀孕。
巧克力囊肿需要大约半个月的时间来恢复怀孕前的身体，并且疾病会在怀孕后恢复正常。手术后准备的妊娠越早，妊娠的可能性就越高。经过一段时间后，疾病复发了。此外，这种疾病的复发率很高。随着时间的推移，怀孕的能力会逐渐下降，手术后是最容易的时期。