巧克力囊肿不严重是可以治疗好的，可以采用中药治疗并定期随访检查，中药通过活跃肝脾之脏腑，可以达到调节气血平衡、全面调理内分泌系统进而治疗巧克力囊肿的目的，但是也可以选择其他治疗方法，比如保守性手术、激素疗法等。
卵巢巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。其症状主要是痛经进行性加重、性交疼痛、不孕及月经失调，如要治疗还用手术治疗。日常避免高度紧张及精神刺激，要保持乐观情绪以及充足的睡眠，保证良好的生活习惯；平时饮食要清淡有营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜常食刺激性食物、海产品等。
只会越来越严重。可能还会容易造成卵巢、子宫病变。可以用一些药物进行调理，平时在生活方面也要注意多喝水，多吃青菜，少吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，三餐要规律。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，小的巧克力囊肿一般对身体没有什么影响，巧克力囊肿比较大容易造成卵巢、子宫病变，导致痛经，甚至引起不孕等。所以如果巧克力囊肿大于五厘米需要及时手术治疗，预防破裂或者扭转的情况。
巧克力囊肿7厘米属于严重程度，在此时的病变程度上会直接影响到女性的孕育功能，如果未做相关治疗和处理的情况下，是会直接导致女性不孕不育，因此在针对囊肿组织存在期间，必须要进行手术切除，才能够使子宫部位全面恢复正常并防止后期运行方面有障碍或异常损害。
注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。如已查出患有子宫内膜异位症，卵巢巧克力囊肿大于6cm以上者，在月经期或月经中期一定要注意保持情绪稳定，避免过度劳累，一旦囊腔内张力突然升高时，囊壁破裂，会形成急腹症。月经期要做好自身的保健，注意控制自己的情绪，不要生闷气，否则会导致内分泌的改变。