巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，主要是子宫内膜移位到卵巢而形成的巧克力囊肿。治疗的方法只有手术或者是绝经疗法来治疗。巧克力囊肿手术以后，为了防止复发，术中会冲洗盆腔，都是用药物让三个月不来月经，来达到预防复发的目的。
巧克力囊肿手术容易复发应该提高自身的免疫力。来进行改善，要饮食合理。也可以通过中医辩证，进行进一步的中草药方面的调节。多调节心情，如果是巧克力囊肿的情况，那么是复发，率是比较高的，如果是需要预防复发。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
巧克力囊肿复发的时间是不确定的。如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。避免复发可以在宫内上节育环。
卵巢囊肿是女性生殖器官的一种常见的良性肿瘤，中医称“石瘕”、“肠覃”。分粘液性囊腺瘤、浆液性囊腺瘤，良性畸胎瘤、纤维瘤、含睾丸母细胞瘤等类型，多有恶变的可能。建议再服用中药调理两个月，只要保持良好的月经，怀孕几率就会增加很多。建议到医院就诊。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。