甲硝唑的副作用一般是消化道的不良反应最多，包括恶心，呕吐，食欲不振等不良反应，甲硝唑的代谢产物会对胃肠道产生刺激。因此在服用甲硝唑的时候，一定要饭后半小时服用，这样可以减轻对消化道的刺激。
甲硝唑片是日常生活中非常常见的一种药物，在治疗厌氧菌感染方面有显著的效果，但对于普通的细菌，真菌没有作用。治疗于牙周的感染，肺部的感染，肠道感染以及滴虫性阴道炎等病症都会用到，甲硝唑片可以说是被广泛应用。
甲硝唑片对于治疗盆腔炎是好用的。
因为盆腔炎症主要是由于厌氧菌感染所导致的，而甲硝唑片主要适用于，因厌氧菌感染所导致的疾病，所以在女性患有盆腔炎时，使用甲硝唑片对盆腔炎来进行治疗是较为合适的。甲硝唑可以配合其他口服药物来进行治疗，比如头孢类药物，但阿奇霉素或罗红霉素等效果更好。另外也可以使用硝基咪唑类药物，来对盆腔炎来进行治疗。
哺乳期不能服用甲硝唑片。哺乳期是妇女的一个特别时期，由于需要哺乳，所以在这段时间里要注意用药。甲硝唑片能通过母乳进入宝宝的身体，引起宝宝的疼痛、过敏等。哺乳期得了滴虫性阴道炎或细菌性阴道病，可以用甲硝唑来治疗，但要避免口服。也可以用甲硝唑泡腾片来治疗，可以在阴道里放入甲硝唑泡腾片，必要时服用口服避孕药，在服药期间要停止哺乳。
甲硝唑片是一种抗厌氧菌的抗生素，对痔疮的治疗以治疗症状为主，也就是当痔疮出现局部感染，使用甲硝唑可能会起到一定的作用，但是对治疗痔疮的本身没有任何的作用。
在牙龈发炎的时候建议抗炎治疗，口服甲硝唑片和头孢类的抗生素。因为一般牙龈的炎症，都是厌氧菌为主的混合感染，所以要两类药物同时服用。但是要想去除牙龈炎症，单纯的抗炎治疗不能解决问题，需要到正规医院的口腔科进行牙周治疗，也就是去除龈上牙石和龈下牙石，再进行牙龈冲洗。
