黄体酮是属于天然的孕激素，其副作用不是特别大，只是由于口服的黄体酮胶囊会经过胃肠道吸收，所以才可能引起恶心、干呕等不适表现。少部分女性在服用黄体酮以后，还会出现头晕的副反应，但一般都不会影响女性的正常生活。对于口服药物胃肠道比较大的女性，还可以采用肌注黄体酮针剂来补充孕激素，只是在肌注的时候有明显疼痛，但其头晕恶心表现会明显减轻，甚至不会出现。
黄体酮胶囊的副作用主要表现在不良反应上，有突破性的阴道出血，有部分患者服用后出现阴道点滴状出血，也有部分人群服用过后，导致体重增加或者减少。简单的说，就是人有的会出现消瘦症状，有的会出现肥胖症状，最常见的副作用主要有乳房肿胀、恶心、头晕、头痛、身体没有力气、发热等症状，长期服用黄体酮胶囊的话，还可能会出现黄褐斑、阻塞性黄疸、肝功能异常等现象。
孕期吃黄体酮胶囊有副作用。
黄体酮胶囊是一种孕激素药物，可以起到维持妊娠，维持孕囊发育的作用，其主要的副作用是恶心呕吐，头晕等不适症状。并不会对胎儿的发育照成影响，所以孕妇在孕期如果出现了孕酮含量较低的情况是可以在医生的指导下应用黄体酮胶囊进行保胎治疗的。建议孕妇在孕期定期进行产检，并根据胎儿的发育情况制定应对方案。
突破性出血，阴道点状出血，体重增加或减少，宫颈鳞柱交界改变，宫颈分泌物性状改变，乳房肿胀，恶心，头晕，头痛，倦怠感，发热，失眠，过敏伴或不伴搔痒的皮疹，黑斑病，黄褐斑，阻塞性黄疸，肝功能异常。
黄体酮胶囊的副作用有，突破性出血、阴道点状出血、体重增加或减少、宫颈鳞柱交界改变、宫颈分泌物性状改变、乳房肿胀，恶心，头晕、头痛，倦怠感，发热、失眠、过敏伴或不伴瘙痒的皮疹、黑斑病、黄褐斑、阻塞性黄疸，肝功能异常。
有，突破性出血、阴道点状出血、体重增加或减少、宫颈鳞柱交界改变、宫颈分泌物性状改变、乳房肿胀，恶心，头晕、头痛，倦怠感，发热、失眠、过敏伴或不伴瘙痒的皮疹、黑斑病、黄褐斑、阻塞性黄疸，肝功能异常。不要经常服用。