巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
手术治疗，巧克力囊肿是女性挥之不去的梦魇，因为缠绵不愈。巧克力囊肿除了让女性在每个经期痛苦万分之外，引起的最大麻烦就是不孕。巧克力囊肿是“肿块”但并非“肿瘤”，是子宫内膜异位症，多见于三四十岁的中年女性。子宫内膜生长在子宫腔内，受体内性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。
巧克力囊肿需要病人的具体病情，进行针对性的治疗，目前此病可以采用药物治疗，比如口服避孕药，适应于轻度病人。孕激素治疗即服用高效孕激素造成假孕，还可以通过手术治疗。
腹腔镜手术一定会对卵巢有很大的伤害，不到最后千万不要选择手术，而且手术后试管的成功率会比术前的低，因为术后卵巢功能不行，促排都取不到什么卵子的。发现自已得了巧囊，不要急，下个月来姨妈再复查一下，如果真是巧囊，先看大小，没到手术指标，就去看中医，吃中药调理备孕。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。可采用药物、手术治疗（保守性）。迄今为止，除彻底性手术外，尚无一种理想的治疗方法。
