先用洗液清洗外阴，然后戴上指套，将甲硝唑凝胶从阴道口内塞到阴道的最深处，通常需要每天晚上用药一次，连续用药一周，停药后4天再复查白带常规，看阴道炎的恢复情况。
黏膜吸收后长期大剂量使用会导致癫痫发作和周围神经病变，导致四肢麻木，症状异常，并可能发生一些不良反应，如胃肠道反应，伴有食欲不振、呕吐、腹泻、恶心、腹部不适等不适，导致可逆性中性粒细胞减少，甚至明显过敏反应、皮疹、荨麻疹等。
黑头是由于毛囊皮脂腺油脂分泌旺盛，毛囊孔过度角化，使得代谢产物无法及时排除，在痤疮丙酸杆菌等细菌的作用下，毛囊口中的废物接触空气而氧化变黑形成的开放性粉刺。市面上曾经流行撕拉鼻贴或是针清棒挤压等对皮肤屏障功能都有很大损失作用的清理黑头的方法。这种方法不仅黑头祛除不干净，而且会使得黑头堵塞毛孔导致毛孔粗大，皮肤屏障功能受损更是会加重黑头的发生。患者可以在用温水洁面后，早晚使用甲硝唑凝胶来治疗，甲硝唑凝胶能够有效的抗炎抗菌，起到改善皮肤油脂分泌异常的作用。在夜间可以在使用甲硝唑凝胶基础上配合使用15%壬二酸，待甲硝唑凝胶干后在皮损处涂上15%壬二酸，能够有效抑制油脂分泌，改善毛囊角化症状，15%壬二酸能抗炎杀菌，联合使用作用加倍。注意调整平时生活作息，少吃含糖量高、油脂含量高的食物及奶制品，少熬夜。
黑头是一种开放性粉刺，属于痤疮的轻症。多是由于痤疮丙酸杆菌感染，雄激素分泌增加，皮脂分泌亢进，毛囊皮脂腺导管堵塞等原因互相影响而产生的皮肤炎症性反应。毛囊口内堆积的物质遇到空气氧化变黑而形成黑头粉刺。黑头完全的祛除是不现实的，只要毛囊皮脂腺会分泌油脂，接触到空气，就会产生。但是我们可以通过控油、抗炎等方法有效使得黑头从视觉效果上减少。使用甲硝唑凝胶+15％壬二酸，能有效改善皮肤炎症及抑制油脂分泌，改善毛囊角化情况，因为两者均具有抗炎抑菌的效果，均是痤疮专家共识中推荐的临床治疗痤疮的用药，搭配使用才可以达到最好的效果。可以在洁面后，夜间先涂抹甲硝唑与鼻部黑头处，三十分钟后轻轻刮去，后在该处涂上15％壬二酸三十分钟后洗去并正常护肤。第一次使用15%壬二酸前需要建立耐受，若是有刺痒感可缩短使用时间，从五分钟开始逐渐延长时间。
此药治疗妇科细菌性阴道病、滴虫性阴道炎或者混合阴道炎常用的药物，也多用于厌氧菌感染的治疗，是一个抗生素消炎制剂。平时阴道分泌物比较多，局部瘙痒，红肿疼痛，异味白带，可以按疗程用此药治疗。
甲硝唑凝胶通常要搭配维A酸药物（如15%壬二酸）去黑头，主要使用方法有3种，第1种方式是在夜间使用清水清洁面部后，首先在黑头处涂抹一层甲硝唑凝胶，之后在其上面叠涂1层15%壬二酸，等待约30分钟左右就可以洗去药物。但是有一部分患者可能在用药后出现持续性的疼痛以及瘙痒，为了缓解局部的刺激症状，可以将药物停留时间缩短至5~10分钟，然后便可以擦去药物。第2种方法去黑头则相对温和，首先用热毛巾热敷黑头较多的部位，然后根据黑头患处面积，使用甲硝唑凝胶后敷于患处，静静等待约30分钟左右就可以将黑头轻松地刮下，然后再将甲硝唑凝胶清洗掉，随后将15%壬二酸均匀涂抹在黑头处。第3种则是结合物理的手法去除黑头，首先使用粉刺针或者细胞夹拔除黑头，然后将甲硝唑凝胶后敷在发红的皮肤周围抑制炎症反应，之后在之后再患处薄薄的涂一层15%壬二酸。可以根据个人的皮肤情况选择合适的方式去黑头。