三代试管婴儿的优点是通过此类技术对胚胎进行优选。如女性出现反复性流产的情况，通过PGS技术可选择正常胚胎，减少流产的可能性。夫妻存在家族性遗传病，可通过PGD技术淘汰异常胚胎，将正常胚胎移植到体内，保证获得健康的胎儿。缺点，此技术干预较多，必须从活体胚胎中取出细胞，对胚胎可造成损伤。因此，第三代的适应症控制较严格。
第三代试管婴儿的优点，选择基因或染色体皆正常的胚胎，将其移植到子宫获得妊娠，可保证胚胎及胎儿正常，不携带异常基因及其他遗传疾病。缺点需从正常胚胎中取出细胞，对胚胎可造成一定损伤。
三代试管婴儿的优点是可以排除遗传性疾病的影响，可以通过第3代试管婴儿的方式，减少遗传疾病的发生几率，当然具体采取哪种试管婴儿方式要依据夫妻双方的身体状况，需要在医生的指导下合理治疗。
更有利于优孕效果，不管是自然怀孕还是试管婴儿，都需要讲究优生优育的原则，可以进行染色体筛查第三代试管婴儿可以进行染色体筛查，这也就代表着对于孩子的性别会有一定的可选择性。
第二代试管婴儿缺点与人为操作有关，一般胎儿都是自然受孕情况下出生。而再好技术皆存在缺点，具体缺点如下：试管婴儿操作时，将精子注入卵子可对精子内部造成稍许损伤，但肉眼无法看出；第二代试管婴儿受精率高，但优胚率、囊胚率及妊娠率，与新鲜试管婴儿差别不大；流产率约高于5%，高于体外第一代试管婴儿。而优点是成功率比传统技术要高。
在胚胎植入前要做遗传学诊断，挑选正常染色体、没有致病基因的胚胎移植进宫腔，从而获得1个正常的胎儿。这是三代试管的优点。缺点是这种技术具有一定的局限性，它的诊断率是96%，误诊率4%。还不能完全区分正常胚胎和嵌合体胚胎。