试管婴儿作为一种辅助生育的手段，弊端还是不少，费用高，成功率低，成功率是15-20%，发生胎儿畸形的机率大，容易生腹水、胸水、卵巢早衰等常见的并发症。如果想要孩子，最好先去做相关的检查，确定问题，然后对症治疗。
试管婴儿的主要弊端是高成本，低效率。试管婴儿的过程较复杂，是一种体外授精的方式，移植后不稳定的几率很大，可能会发生宫外孕。需要穿刺取出女性的卵子，穿刺的过程中大出血或者感染的风险很高，试管婴儿患有先天性疾病较自然婴儿较高。
试管婴儿出生时体重过轻或者带有缺陷的风险很高。试管婴儿先天畸形等缺陷会增多，试管婴儿会存在先天缺陷的可能性是普通婴儿的两倍到四倍。缺陷包括心瓣畸形、唇颚裂，以及肠脏或食道发育不良，以致消化系统异常等。
每个月自然受孕的几率是25%左右，所以50%的夫妻会在备孕的半年之内怀孕，80%的夫妻会在备孕的一年之内怀孕，放松心情。做试管婴儿的成功率也是40~%50%左右的，不用太担心做试管婴儿的宝宝和正常宝宝是一样的。
具有很大的遗传风险。试管婴儿出生的孩子和自然受孕出生的孩子并没有什么差别。试管婴儿治疗出生的孩子在出生缺陷，成长发育和认知能力上，与自然出生的孩子并没有什么不同，但也不是说经过试管婴儿技术出生的孩子就健康聪明。
试管婴儿长大后是没有什么弊端的，与正常的胚胎发育出生的婴儿没有区别。试管婴儿采用的都是健康的精子和卵子，不会出现智力低下的问题。试管婴儿的胚胎是经过严格的筛选的，而且现在试管婴儿已发展出三代，第三代试管婴儿可以做基因鉴定，可以排除有基因遗传性疾病的胚胎，确保在移植前的胚胎是正常的。