如果巧克力囊肿小于4cm，痛经情况较轻，也没有不孕的病史，可以考虑先不手术，直接试孕。试孕过程中要定期复查B超，还有血CA125水平。一旦怀孕成功，孕期体内孕激素明显升高，可以抑制异位内膜生长，使其萎缩。所以，孕期的巧克力囊肿基本不会生长，甚至到后期会缩小。
及时去正规的医院做进一步的检查，然后根据检查结果，尽快选择合理的方法手术治疗。如果病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，病人一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
巧克力囊肿的治疗有保守治疗和治疗性治疗，保守治疗也就是药物治疗，治疗方法不是理想的治疗方法，服药以后囊肿会变小，但是停药后就很容易出现复发。对于小的巧克力囊肿或者有生育要求的病患可以先采取药物治疗，待生过孩子后再观察是否需要进行治疗性手术。
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上形成的，对怀孕有影响。如果引起了月经不调等症状需要手术治疗。巧克力囊肿主要是由于卵巢功能异常，内分泌失调而导致，现在月经期时间长，颜色发黑，需考虑存在了月经不调。