巴氏腺囊肿可以使用碘伏消毒，或者口服药物来进行治疗。
一般患有巴氏腺囊肿的患者多是由于混合性细菌感染所导致的，在急性炎症发作时，是需要保持外阴的清洁卫生，首先可以使用碘伏进行消毒，或者使用1:5000的高锰酸钾进行坐浴治疗。或者口服喹诺酮类，比如阿奇霉素，或者头孢菌素等口服药物进行治疗。如果已经形成脓肿，建议尽早切开引流治疗。
消肿的首选方法是在药物消炎的同时行手术切开-造口-引流，还可以采用CO2激光或者微波造口的方法。消肿后还不会复发。其次可选用外用中药洗剂，消炎止痛，但效果较慢，常用于术后护理。
岣巴氏腺囊肿的有效消肿仍需手术。既可采用激光手术，也可采用切除手术。
巴氏腺囊肿主要是因巴氏腺开口处发炎或者存在阻塞，巴氏腺产生黏液不能顺利流出而形成囊肿。对病情较重者需手术治疗。激光手术主要有囊肿造口术和囊肿切除术等，属于微创手术的范畴。急性期要绝对躺在床上，重视局部清洁、局部冷敷和抗生素的使用。更要重视私处卫生和经常妇科检查。
巴氏腺囊肿又称为前庭大腺囊肿，前庭大腺囊肿没有继发感染时，不需要消肿治疗，没有症状的前庭大腺囊肿可随访观察，对囊肿较大或者是反复发作者可行囊肿造口术。当前庭大腺囊肿继发感染急性发作时，应先给予抗炎治疗，可取前庭大腺开口处分泌物做细菌培养，确定病原体。如果形成前庭大腺脓肿需尽早切开引流，以缓解疼痛，脓液送细菌培养。
一般情况下，巴氏腺囊肿又称前庭大腺囊肿，通常能好，但是需要积极进行治疗。具体情况分析如下：
称前庭大腺囊肿发生在女性大阴唇与小阴唇的交接部位，因生理或病理因素造成的腺管堵塞，使囊腔内液体无法排泄而形成的囊状肿瘤。对于此症，可以通过外科和药物的方式来进行。可以选择激光造口术，同时要做好清洗、换衣服、防止感染等。若出现脓性感染，应做切口引流术。可以口服一些中药，同时还可以使用大黄牡丹汤、金银花、紫花地丁、丹皮、赤芍等进行消肿止痛的方法。
不存在巴氏腺囊肿消肿特效药。巴氏腺囊肿又称之为前庭大腺囊肿，就是由于前庭大腺管堵塞，液体在内淤积形成。而巴氏腺囊肿一旦形成，是没有任何特效药可以起到消肿的作用，无论是口服药物，还是局部涂抹药物。如果女性确诊是巴氏腺囊肿，而且囊肿大于3公分以上，这时要消肿，只能够考虑行手术将囊肿剥离，才能达到彻底治愈的目的。