巧克力囊肿的治疗方法可采用药物或手术治疗。除了手术外，尚无一种理想的方法。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病的处理方法。饮食要多注意一点，不要吃辛辣食物。
巧克力囊肿可以采用药物治疗和手术治疗两种方式治疗，治疗时一般要根据年龄、对生育的要求、囊肿的大小、病情的轻重来决定是采用药物治疗还是手术治疗，保守性的治疗主要是保留卵巢功能的治疗。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位造成的，多有人流史或者剖宫产史，没有性生活的女性也有可能是经血逆流造成的。可引起进行性痛经和不孕，治疗主要是手术剔除，术后容易复发。
可采用药物或（和）手术治疗（保守性或缓解性）。迄今为止，除手术外，尚无一种理想的治疗方法。无论是药物治疗抑或保守性乎术均有相当高的复发率，有生育要求的轻度明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术；年轻无生育要求的重症可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
目前，巧克力囊肿好的治疗方法就是通过手术。但是，针对有生育要求的女性，还是要通过药物保守治疗。巧克力囊肿复发率比较高，可以采用一些激素药物，观察药物的副作用，平时生活中也要保持心情舒畅，避免巧克力囊肿复发。