药物治疗，主要是口服激素，即假孕和假绝经疗法，这会带来很多的副作用，引起肝肾功能的损伤是手术治疗，手术治是保留生育功能，只把子宫内膜异位的病灶结节切除掉，恢复它正常的解剖生理功能。
疾病一旦发现，就必须对症的治疗，不然会造成疾病更严重，将有不孕的可能出现。必须做有效的治疗，如药物治疗、中医治疗及手术治疗，但手术对身体还会产生其它的危害，适合哪种方法医治必须听从医生的建议对症治疗。平时多观察，当身体有异常里要及时到当地正规的医院检查与医治。
腹壁切口子宫内膜异位症，若是诊断了腹部子宫内膜异位症，一般应考虑要尽早手术治疗，局部切除病灶，一般手术以后，都可以治好。最近新的治疗方法也包括不开刀的聚焦超声(海扶)治疗，不切除病灶，用超声热能将具有活性的病灶消融，起到缓解周期性疼痛的作用，其优点是不需要开刀，缺点是缺乏病理。
子宫内膜异位症经过性激素治疗或保守性手术后，是有生育机会的。据统计，用假孕疗法(即孕一雌激素治疗)，治疗结束后，一般在短时间内可恢复排卵功能。若停药半年后仍无排卵，可以吃点中药，妊娠率的高低与子宫内膜异位症病情的严重程度、年龄、其它的不孕因素以及手术技巧等有关。手术后复发率较高，可影响妊娠。
引起周期性腹部疼痛可能，月经期腹部疼痛症，在腹壁切口的地方有硬结或肿块的现象，绝大多数肿块和液晶都有非常大的关系。生活规律，饮食均衡，不要受凉，不要吃辛辣性食物，保持阴部清洁卫生，不要吃垃圾食品。
子宫内膜异位症建议用中医的辨证施治方法，中医治疗原则是温经散寒、活血化瘀、软坚散结、消肿止痛，总的原则来讲，是通过用中药，一般用可以古方桂苓宫膜贴，使异位的包块要逐渐的液化。缩小、吸收，临床症状会随着异位包块的缩小而减轻，或者全部消失。
