如果已经怀孕了，密切关注孕酮变化及巧囊大小变化；妊娠也是对巧囊的一种治疗和控制。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
3-6个月。做完巧克力囊肿手术之后，子宫和附件还没有完全恢复，要注意休养一段时间。手术后，建议至少三个月在怀孕，让伤口有很好的修复，另外巧囊手术后半年到一年怀孕几率还是比较高的。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
右侧卵巢巧克力囊肿是对怀孕有影响的，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型。对有生育要求的女性，采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，可以采用保守性手术，如腹腔镜手术，以保留正常卵巢和生育功能。如果年龄较大且无生育要求的女性，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。
患有巧克力囊肿，还是会怀孕的。如果囊肿是单纯的，那么另外一侧肯定就是正常的排卵。如果囊肿是上册的，但是如果并不大，也不会影响到明显的排卵。所以说要根据自己的情况来判断怀孕的概率。是否能怀孕，不光是与囊肿有关，还跟卵子的质量，精子的质量，排卵阶段同房等都有很大的关系。
巧克力囊肿是良性卵巢囊肿，怀孕后患有巧克力囊肿采用保守方法来进行治疗，可以采用调理的形式来进行治疗，尽的减少对于胎儿的健康发育造成的影响。可以考虑在生完孩子之后，再采用手术治疗的形式来进行治疗。