巧克力囊肿与体内激素水平有关，药物治疗仅仅能抑制内膜的增生，还不能完全治疗好，巧克力囊肿有缩小，可是采用药物治疗，但是不能盲目的治疗，如果想尽快要孩子，就需要通过手术治疗，因为药物治疗疗效慢。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种表现，简单来说就是子宫内膜异位到卵巢上，每个月随着卵巢激素的周期性变化，局部出现出血，形成血肿，血肿内的血液经过吸收后，变得较为粘稠，成巧克力汁状。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，即有生长能力的子宫内膜组织出现在子宫腔以外部位，就是子宫内膜出现在一个不该出现的部位。长在卵巢上的异位症经常形成囊肿，因囊肿内的出血日积月累，变得象巧克力浆一样，所以称“巧克力囊肿”。
如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随着经血逆流经过输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其它部位形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也会受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血。如果病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大形成内含有陈旧性积血的囊肿。
巧克力囊肿一般是由子宫内膜异位引起，导致月经逆流到盆腔，形成陈旧的淤血肿块。一般伴有月经不调，淋漓不尽，痛经，性交痛以及不孕等，患者放松心情，不用太紧张，这种巧克力囊肿，如果体积过于大，可以选择手术治疗的，子宫内膜异位症引起来的，只能是对症治疗的。
巧克力囊肿下腹疼痛是因为质酸化身体发生其他组织的癌变，又因身体机能下降，身体组织液酸化导致的。身体组织液酸化，正常细胞就无法生存，形成真正的肿瘤实体，长期饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大等因素造成体质过度酸化的原因。