一般卵巢囊肿行手术治疗时多数是连同卵巢切除的，实施这种治疗方法时，通常不会对卵巢造成影响，但偶尔为了确定将整个囊肿切除，就必须把整个卵巢，甚至连输卵管也一起切除。因为有两个卵巢，切除一个卵巢后仍然可以生育。如果已经有了子女，或者是已经过了绝经期，把两个卵巢及子宫一起切除掉。这是由于一旦罹患了某种囊肿，们有复发的可能，囊肿复发时会有患癌症的危险。
如果是卵巢囊肿大于五厘米以上，是要及时动手术会，比较好，不然可能会引起腹痛腹胀，小腹胀痛，发烧，白带异常等现象。治疗的时间，根据不同的病情，治疗的时间也是不同的。
左侧卵巢囊肿是否会影响生育，需要根据囊肿是否会影响卵巢排卵决定。
如果是单纯性卵巢囊肿不超过5cm，那么在来例假后就会自行消退，不会对排卵造成任何的影响。卵巢巧克力囊肿、囊肿比较大，没有正常的卵巢组织，会影响到卵巢的排卵，从而影响到生育。另外，卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，会引起输卵管粘连、盆腔粘连，从而影响输卵管输送精子和卵子，从而引起不孕或宫外孕。
对于卵巢囊肿较小的女性，多数情况下都是可以同房的。一般的卵巢囊肿为良性囊肿，而且体积较小，在同房的时候可能不会有特别的不良影响。但如果女性的卵巢囊肿太大，在同房时就可能导致卵巢囊肿扭转或者破裂，可引起腹痛和出血。所以对于卵巢囊肿较小的女性，往往在非月经期都可以正常安排同房，但是在同房的时候不能够太过暴力，因为过于暴力也容易使卵巢囊肿破裂。
卵巢囊肿是非常多见的妇科病，如果直径少于5公分，不考虑手术，超过5公分就要及时手术，以免出现蒂扭转或者破裂，卵巢囊肿手术将囊肿摘除，只要卵巢的功能正常，不会影响正常怀孕，不要过于担心。
卵巢囊肿的手术治疗方法包括腹腔镜手术与开腹手术两种手术途径。开腹手术包括开腹的卵巢囊肿剥除术以及开腹的患侧附件切除术；腹腔镜手术包括腹腔镜下卵巢囊肿剥除术以及腹腔镜下患侧附件切除术。对于年轻、有生育要求的病人，卵巢囊肿一般选择腹腔镜卵巢囊肿剥除术或者开腹卵巢囊肿剥除术。对于年龄比较大、没有生育要求、或者绝经后的女性，可以选择开腹的患侧附件切除术或者腹腔镜下患侧附件切除手术。