巧克力囊肿不治疗，主要是影响怀孕，另外如果长期不治疗可出现痛经、持续性下腹疼痛、月经失调。巧克力囊肿，通常是需要考虑手术处理的，也只有手术才可以彻底的解决问题。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，如果不治疗囊肿会不断的增大，而且会影响到月经，还会导致不孕。另外大的囊肿容易发生扭转和破裂，这是非常危险的，还会有痛经的情况，一旦确诊就要积极治疗，选择治疗方案很重要，可以中医保守治疗，百通疗法治疗巧克力囊肿效果显著，可以使其逐渐的软化缩小甚至消失，而且可以提高卵巢功能促进不孕妊娠，不妨了解一下。
巧克力囊肿如果不治疗会导致以下情况发生。第一个会影响到性生活怀孕导致女性的不孕。第二个就是月经期间会有疼痛。第三个是相对最危险的，因为巧克力囊肿虽然属于子宫内膜异位症的一种但是会有异常的增生、浸润转变为恶性肿瘤的一个风险引起卵巢癌的高发，所以综合三点特别是第三点那么还是建议及早进行手术治疗避免引起严重的并发症不良反应。
卵巢巧克力囊肿不治疗会影响怀孕，所以要及时治疗。可以选择药物治疗，通常是采用性激素进行治疗，原理就是通过抑制雌激素合成，使得异位的内膜出现萎缩。也可以手术治疗，手术是微创术，开口小，恢复起来快。
导致水肿。卵巢囊肿病患除了能感觉到食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。危害，发生癌变。卵巢囊肿增大极易发生感染、扭曲、出血或爆裂，给病患带来生命的威胁。有些肿瘤性的囊肿甚至会发生癌变。
巧克力囊肿不治会导致月经异常，月经稀少或闭经，有些病患表现月经淋漓不断；其次会影响少女形象，会出现多毛、肥胖、座疮等症状；并且还会导致不孕，多囊卵巢往往有持续性无排卵，不能自然怀孕，是女性不孕症的主要原因；最后是女性如果妊娠，妊娠高血压综合征和妊娠糖尿病的风险明显增加。
