第二代试管婴儿缺点与人为操作有关，一般胎儿都是自然受孕情况下出生。而再好技术皆存在缺点，具体缺点如下：试管婴儿操作时，将精子注入卵子可对精子内部造成稍许损伤，但肉眼无法看出；第二代试管婴儿受精率高，但优胚率、囊胚率及妊娠率，与新鲜试管婴儿差别不大；流产率约高于5%，高于体外第一代试管婴儿。而优点是成功率比传统技术要高。
在胚胎植入前要做遗传学诊断，挑选正常染色体、没有致病基因的胚胎移植进宫腔，从而获得1个正常的胎儿。这是三代试管的优点。缺点是这种技术具有一定的局限性，它的诊断率是96%，误诊率4%。还不能完全区分正常胚胎和嵌合体胚胎。
三代试管婴儿的优点是通过此类技术对胚胎进行优选。如女性出现反复性流产的情况，通过PGS技术可选择正常胚胎，减少流产的可能性。夫妻存在家族性遗传病，可通过PGD技术淘汰异常胚胎，将正常胚胎移植到体内，保证获得健康的胎儿。缺点，此技术干预较多，必须从活体胚胎中取出细胞，对胚胎可造成损伤。因此，第三代的适应症控制较严格。
第三代试管婴儿的优点，选择基因或染色体皆正常的胚胎，将其移植到子宫获得妊娠，可保证胚胎及胎儿正常，不携带异常基因及其他遗传疾病。缺点需从正常胚胎中取出细胞，对胚胎可造成一定损伤。
价格大概是在4万到6万，每个人的身体情况不同，那么价格是会有一定的区别，精子中挑选出质量最好的精子，将挑选出来的精子注射到卵子中，应该要注意调养好自己的身体，避免刺激性食物。
第二代的试管主要是针对精子特别少，或者是精子的质量不好，这种来治疗的，一般对胚胎的发育是没有影响的。主要缺点是有可能会损伤到卵子质量，导致胚胎的分级比较低。根据自身情况在大夫指导下选择合理的助孕方案。