要根据结石所在的位置，选择相应的治疗方法，首先，手术是解决所有结石均可以采用的方法，但手术毕竟创伤大，现在绝大多数已经被微创或无创治疗所取代。如果是肾结石，可以采用经皮肾穿刺钬激光碎石术，也可以采用输尿管软镜下钬激光碎石术；如果是输尿管结石，一般选择体外震波碎石治疗，体外震波碎石失败的可以选择输尿管镜下碎石治疗；膀胱结石，可以直接进行膀胱镜下碎石治疗。
肾及输尿管结石的治疗要根据结石大小、部位、数目、形状、一侧或两侧，有无尿流梗阻、伴发感染、肾功能受损程度、全身情况以及治疗条件等进行具体分析，全面考虑。但当绞痛发作时，首先应该使症状缓解，而后再选择治疗方案。非手术治疗方法有大量饮水，中草药治疗，针刺，经常作跳跃活动。或者体外冲击波碎石。结石引起尿流梗阻已影响肾功能、或经非手术疗法无效，无体外冲击波碎石条件者，应考虑手术治疗。
仅仅因为不疼并不意味着许多朋友患有输尿管结石的严重梗阻，不能通过感觉石头是否存在来判断，需要检查石头是否仍然存在。有些人的石头，即使很小，假如卡在输尿管里也会引起疼痛难受。可以适合排石治疗，经皮肤穿刺至肾脏，在直视下，用激光或气压蛋，将结石击碎排出，这些都是有效的方法。
综合分析尿路结石的位置、大小、位置，是否合并肾盂积水，采取体外震波碎石、药物碎石、经皮肾镜取石、钬激光、传统外科治疗等治疗措施。到泌尿科或当地医院碎石中心咨询，根据b超检查结果，有无相关症状，结石的数量、大小、位置，制定合适的治疗方案。
对于输尿管结石的治疗原则是小于5毫米的不需要特殊治疗，可以自己排出；大于5毫米小于2厘米的可以做体外碎石治疗。大于2厘米的需要手术治疗。患者可以根据超声显示的结石大小进行治疗。同时多喝水，应用消炎药预防感染。
尿路结石是会导致其肾积水的同时出现腰部疼痛及不适确诊以后要进行对症的抗炎及体外碎石或者是微创手术的治疗就可以的，尿道结石的原因主要有喝水少，经常憋尿，多喝多尿有助于细菌、致癌物质和易结石物质快速排出体外，减轻肾脏和膀胱受害的机会。反之，容易形成结石。