巧克力囊肿，用中药治疗是很难有治疗效果。应首先确定囊肿大小，如果大于五厘米应该手术治疗。也可以选择医院的妇科进行检查和治疗，如果做手术可以做微创手术。此外饮食上也必须以清淡为主。
导致巧克力囊肿最严重的原因有：一，生理原因：女性的子宫内膜在正常的情况下面是在宫腔之中生长的，生理期的到来，其会剥落之后重新开始增厚生长。随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。内分泌因素：卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
如果巧克力囊肿不大，可以选择口服中药来进行治疗的，如果现在已经比较大了，还是要选择手术治疗才可以根除，先去医院做一下常规的检查，然后根据情况正确的选择相应方法来进行治疗的。
患有巧克力囊肿后，想要用中药方法治疗，一定要在医生的指导下使用。患者切不可自己用药，中药贴剂治疗、中药汤剂治疗，巧克力囊肿这是一种子宫内膜异位增生的病变，要重视疾病的治疗，中医认为治疗巧克力囊肿首选食疗，饮食上要有足够的营养，不要偏食挑食。不要吃牛、羊、鱼、虾等发物。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。