巧克力囊肿比较大，破裂，或有不舒服的症状，需要手术治疗。手术方法有两种，一种是开腹手术，一种是腹腔镜手术。建议情遵照医嘱治疗，术后少吃辛辣油腻生冷刺激的食物，避免受凉，避免熬夜，定期复查。
术前都需要对女性病人进行半麻醉处理，但是切除囊肿的手术过程是不同的。开刀切除手术方式需要先对女性病人的腹部进行开刀，然后再找到病人的囊肿部位，进而进行人工摘除操作，最后再将病人的腹部进行缝合。
巧克力囊肿微创手术是在腹腔镜下做的手术。全身麻醉成功后，在腹部打3-4个小孔，约0.5-1.5公分，充入二氧化碳气体，再行手术治疗。手术的方式是因年纪、症状、有无生育要求、内异症分期等来综合考虑的，分为保留生育功能手术、保留卵巢功能手术。手术结束后，再放掉充入的气体。
生长在卵巢的巧克力囊肿，囊壁常常很糟脆，在手术分离过程中，几乎没有不发生破裂的。这一特点提示巧克力囊肿可能具有一种自发破裂的倾向，实际情况也是如此。囊肿破裂后，小的破口可以很快自行愈合，并与周围组织形成粘连；如果破口较大，则无法自行愈合，其浓稠的巧克力样囊内液可流入腹腔，这种巧克力样液体的刺激性极强，可刺激周围的腹膜，引起剧烈的腹痛，如果处理不及时，还可能导致弥漫性腹膜炎，造成致命的后果。
巧克力囊肿可在宫腔镜的窥视下看到子宫内膜样组织，由于这种囊肿内潴留的陈旧血瘀如巧克力糊状的颜色，故称为“巧克力囊肿”确诊后宜立即手术，术后一般仍宜服用治疗子宫内膜异位症的药物，以防止肉眼未能检出的病灶或囊液污染腹腔引起新的播散和种植病灶的产生。