预防巧克力囊肿复发可以吃一些药物治疗，口服丹那唑对巧克力囊肿有很好的治疗效果，如果想要孩子还可以通过怀孕的方式对巧克力囊肿复发有一定的效果，巧克力囊肿有的人绝经以后会有所缓解，平时一定要注意不要过度劳累，性生活不要太频繁，注意局部卫生。
巧克力囊肿手术后为了防止再次复发，术中需要冲洗盆腔，然后注射防止巧克力囊肿复发的药物。一般巧克力囊肿手术后为了防止复发，都是用药物让三个月不来月经，来达到预防复发的目的。
巧克力囊肿是属于子宫内膜异位到卵巢引起的临床表现，子宫内膜异位症是指有活性的内膜细胞种植在子宫内膜以外的位置而形成的一种女性常见妇科疾病。临床常见症状为痛经，月经异常，不孕，性交疼痛等。术后药物治疗是规范月经周期，卵巢早衰与治疗无必然关联性。
怀孕后对巧囊有一定的治疗作用，建议可以彩超监测卵泡，在医生指导下同房，同房后抬高臀部，以提高受孕的几率。建议经期避免剧烈运动，避免受凉，避免熬夜，注意经期卫生，少吃辛辣油腻生冷刺激的食物。
服用消炎、止痛、化瘀的药物以及注意个人卫生，饮食尽量以清淡为主，对于辛辣等刺激性食物要忌口，保持心情的愉快，定期到医院复查体检，预防囊肿复发。手术后有分泌物增多、分泌物黄色、出血的现象，不需要过于担心，这些都是属于正常的现象。
巧克力囊肿术后可以应用促性腺激素释放激素类的药物，应用3-6个月，预防再次复发。但是如果出现潮热等，可以反向添加雌激素，以缓解低雌激素的症状，同时可以补充钙剂。这是目前较常用的预防子宫内膜异位症复发的方法。
