移植失败后胚胎被机体吸收了，或者是随着月经来潮排出体外。胚胎移植后先在宫腔内游走，如果移植的是第3天胚胎，要吸收营养继续分裂，发育成囊胚后在宫腔内寻找适合着床的位置。如果子宫内膜环境不适合着床，就会游走到子宫外，若在输卵管着床就会形成宫外孕。胚胎在子宫腔内寻找到合适位置后，就黏附在子宫内膜上，然后刺入子宫内膜成功着床。这个过程若失败就会被机体吸收或随着月经排出体外。
移植失败后胚胎被机体吸收了，或者是随着月经来潮排出体外。胚胎移植后先在宫腔内游走，如果移植的是第3天胚胎，要吸收营养继续分裂，发育成囊胚后在宫腔内寻找适合着床的位置。如果子宫内膜环境不适合着床，就会游走到子宫外。
移植不成功胚胎被身体吸收，或是随着月经排出。正常自然状态下，受精卵从输卵管到宫腔之前已经发育成囊胚，进到宫腔后着床，如果移植第3天的胚胎，要在宫腔内3-4天后发育成囊胚再着床，如果没有着床成功，胚胎就被身体吸收或者随着月经排出体外。
移植后胚胎不着床是男女双方没有提供优质的卵子和精子。染色体异常对胚胎的形成和着床是有很大影响的，夫妻染色体有异常会使胚胎长到某一阶段即会停止生长。
确定移植失败之后，停掉所有的药物，子宫内膜失去了激素水平的支撑，会在3-7天之内出现螺旋小动脉的痉挛破裂出血来月经。因为在试管移植术后，为了维持受精卵着床成功，进一步促进孕囊的生长发育，辅助生殖的医生会根据个体具体情况，应用雌激素，孕激素，还有绒毛膜促性腺激素的外源性的补充。
胚胎移植失败后一个月，恢复正常月经，月经干净后就可以同房，过正常的性生活，不存在任何问题，不必过于紧张，保持良好的心态，同房时注意个人卫生，夫妻双方保持生殖器官清洁干净。