巧克力囊肿大多数情况下是良性的症状，需要做进一步的细致检查才能够确诊的，可以先把囊肿切除以后，在对这个囊肿物进行细致的检查，来确定它是良性还是恶性，良性的一般在术后不再处理的，恶性需要进一步治疗就可以。
卵巢巧克力囊肿疾病最突出的症状就是痛经，会让出现经期腹痛的感觉，而且性交的时候也会有可能出现疼痛感，所以说出现疼痛的感觉就应该警惕起来，一般还会伴有不孕的症状出现，月经改变也比较明显，需要及时确诊和治疗，防止疾病加重很关键。
是有可能会的，如果巧克力囊肿比较大，有可能会引起腰疼。巧克力囊肿病人的症状表现主要有小腹坠胀感、排尿困难、腰酸腰疼、白带增多、月经紊乱等。由于囊肿的存在，很多人都会有腰骶部酸痛的症状。并且还会有小腹坠胀感。
大多数时候病人是感觉不到疼痛的，因为微创巧克力囊肿手术，大多数的时候都是用全身麻醉，手术过程中病人不会感受到疼痛，但是在手术结束后，病人会感受到伤口上的疼痛。在恢复期间，病人可以配合医院的药物，减少疼痛。
一般巧克力囊肿的病人是会出现腹痛的症状的，甚至是痛经进行性加重、性交疼痛、不孕及月经失调。这种病可以采用药物来对抗或抑制卵巢的周期性内分泌刺激。最初是用睾丸酮类的雄性激素，因副作用较大，而且效力亦不够强，已逐渐摒弃不用。后来则逐渐发展成为假孕疗法及假绝经疗法。
巧克力囊肿，可以用药物治疗也可以手术治疗。但是药物治疗的效果一般不好的。女性可以用腹腔镜手术治疗巧克力囊肿，避免肿瘤所造成的压迫。平常多注意生活规律，避免剧烈运动，多吃蔬菜水果，多加强营养，做好卫生防护。