胚胎停止发育的原因有很多种，孕早期胚胎停止发育的原因主要有胚胎染色体异常、黄体功能不全、甲状腺功能减退、免疫系统异常等。孕中期胚胎停止发育的原因主要有:子宫解剖结构的异常、免疫系统异常以及血栓前状态等。
引起胎停育的原因很多，如内分泌失调，黄体功能不全，染色体异常，子宫内膜偏薄，或者是免疫因素，生殖道感染等，以及一些不良的生活习惯，如吸烟，喝酒，毒品，都会导致胚胎停止发育。
胚胎停育的主要原因，有三个方面：精子质量差。卵子质量差。胚胎质量差，在母体内没有得到良好的生长环境。精子质量不好的原因，主要有精子畸形率较高，不成熟精子的比率较高，精子DNA碎片指数较高。卵子的质量较差，形成胚胎以后在母体内，由于母体情绪抑郁，烦躁，抽烟，喝酒。
怀孕胚胎停育最主要的原因就是胚胎染色体的问题，也就是说可能胚胎染色体存在异常。这也是自然界优胜劣汰规律的一种体现，如果胚胎质量好可能会存活下来，但是如果一些染色体异常或者质量不好的胚胎，可能早期就会淘汰掉。
胎停育的原因很多，有免疫性因素、遗传性因素、感染性因素、内分泌性因素、解剖因素，药物影响，环境污染，接受电离辐射等，如果发生胎停育了，先查明病因，对症治疗后再次怀孕。胎停止发育是女性不孕症的常见因素。导致胚胎停止发育的原因比较多，有的是胚胎本身发育不好，自然死亡，有的是由于激素分泌不足难以支持胚胎发育而造成死亡，有的是宫腔畸型使胚胎无法生长，也有的是一些感染、免疫等方面的问题。
造成胎停育的原因很多，90%以上和胚胎自身异常有关系，少数情况和黄体功能不足，高泌乳素血症，甲状腺功能异常，糖尿病有关，还有外界因素影响，长期接触放射线，有毒化学物质等，社会环境，噪声污染，环境污染等都会影响到胎儿的发育。